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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20288 | |||||||||
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タイトル | The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 2 | |||||||||
マップデータ | classII CAP-TAC at state 2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | class-II / CAP-dependent / transcription activation complex / state 2 architecture / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu B / Shi W | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020 タイトル: Visualization of two architectures in class-II CAP-dependent transcription activation. 著者: Wei Shi / Yanan Jiang / Yibin Deng / Zigang Dong / Bin Liu / 要旨: Transcription activation by cyclic AMP (cAMP) receptor protein (CAP) is the classic paradigm of transcription regulation in bacteria. CAP was suggested to activate transcription on class-II promoters ...Transcription activation by cyclic AMP (cAMP) receptor protein (CAP) is the classic paradigm of transcription regulation in bacteria. CAP was suggested to activate transcription on class-II promoters via a recruitment and isomerization mechanism. However, whether and how it modifies RNA polymerase (RNAP) to initiate transcription remains unclear. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of an intact Escherichia coli class-II CAP-dependent transcription activation complex (CAP-TAC) with and without de novo RNA transcript. The structures reveal two distinct architectures of TAC and raise the possibility that CAP binding may induce substantial conformational changes in all the subunits of RNAP and transiently widen the main cleft of RNAP to facilitate DNA promoter entering and formation of the initiation open complex. These structural changes vanish during further RNA transcript synthesis. The observations in this study may reveal a possible on-pathway intermediate and suggest a possibility that CAP activates transcription by inducing intermediate state, in addition to the previously proposed stabilization mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20288.map.gz | 200.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20288-v30.xml emd-20288.xml | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20288.png | 93 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20288.cif.gz | 9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20288 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20288 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20288_validation.pdf.gz | 572.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20288_full_validation.pdf.gz | 571.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20288_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20288_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20288 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20288 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | classII CAP-TAC at state 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation compl...
+超分子 #1: The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation compl...
+超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha, DNA-directed RNA polym...
+超分子 #3: DNA
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
+分子 #7: SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (78-MER)
+分子 #8: SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (78-MER)
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.55 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
詳細 | Direct alignments: Beam tilt pivot points, Beam shift, Comma Free. C2 aperture centering, C2 lens astigmatism correction. Objective aperture centering and objective lens astigmatism correction. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 45.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 37456 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |