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- EMDB-20200: Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20200
タイトルCryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex
マップデータFinal volume
試料
  • 複合体: Ctf3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF3
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM16
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM22
キーワードkinetochore / chromosome / cryo-em / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


attachment of spindle microtubules to kinetochore / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit CTF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Hinshaw SM / Harrison SC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The structure of the yeast Ctf3 complex.
著者: Stephen M Hinshaw / Andrew N Dates / Stephen C Harrison /
要旨: Kinetochores are the chromosomal attachment points for spindle microtubules. They are also signaling hubs that control major cell cycle transitions and coordinate chromosome folding. Most well- ...Kinetochores are the chromosomal attachment points for spindle microtubules. They are also signaling hubs that control major cell cycle transitions and coordinate chromosome folding. Most well-studied eukaryotes rely on a conserved set of factors, which are divided among two loosely-defined groups, for these functions. Outer kinetochore proteins contact microtubules or regulate this contact directly. Inner kinetochore proteins designate the kinetochore assembly site by recognizing a specialized nucleosome containing the H3 variant Cse4/CENP-A. We previously determined the structure, resolved by cryo-electron microscopy (cryo-EM), of the yeast Ctf19 complex (Ctf19c, homologous to the vertebrate CCAN), providing a high-resolution view of inner kinetochore architecture (Hinshaw and Harrison, 2019). We now extend these observations by reporting a near-atomic model of the Ctf3 complex, the outermost Ctf19c sub-assembly seen in our original cryo-EM density. The model is sufficiently well-determined by the new data to enable molecular interpretation of Ctf3 recruitment and function.
履歴
登録2019年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月15日-
マップ公開2019年5月15日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6oua
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20200.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final volume
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.07739245 - 0.10065111
平均 (標準偏差)-0.000013614005 (±0.0031089573)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.600217.600217.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0770.101-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20200_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ctf3 complex

全体名称: Ctf3 complex
要素
  • 複合体: Ctf3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF3
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM16
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM22

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超分子 #1: Ctf3 complex

超分子名称: Ctf3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Inner kinetochore subunit CTF3

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.617891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMSLILDD IILSLTNANE RTPPQALKTT LSLLYEKSKQ YGLSSPQLQA LVRLLCETSI IDTVTKVYIV ENCFLPDGYL TKELLLEII NHLGTPTVFS RYRIQTPPVL QSALCKWLVH VYFLFPVHSE REHNISSSIW LHLWQFSFLQ KWITPLVIWQ A TTPVDVKP ...文字列:
SNAMSLILDD IILSLTNANE RTPPQALKTT LSLLYEKSKQ YGLSSPQLQA LVRLLCETSI IDTVTKVYIV ENCFLPDGYL TKELLLEII NHLGTPTVFS RYRIQTPPVL QSALCKWLVH VYFLFPVHSE REHNISSSIW LHLWQFSFLQ KWITPLVIWQ A TTPVDVKP WKLSIIKRCA MHPGYRDAPG SATLILQRFQ CLVGASSQIT ESIITINCNR KTLKSHRNLK LDAHFLSILK RI LSRAHPA NFPADTVQNT IDMYLSEIHQ LGADSIYPLR LQSLPEYVPS DSTVSLWDVT SLEQLAQNWP QLHIPNDVDY MMK PSLNSN VLLPRKVMSR DSLKHLYSSI ILIKNSRDES SSPYEWCIWQ LKRCFAHQIE TPQEVIPIII SVSSMDNKLS SRII QTFCN LKYLKLDELT LKKVCGGILP LWKPELISGT REFFVKFMAS IFMWSTRDGH DNNCTFSETC FYVLQMITNW VLDDK LIAL GLTLLHDMQS LLTLDKIFNN ATSNRFSTMA FISSLDILTQ LSKQTKSDYA IQYLIVGPDI MNKVFSSDDP LLLSAA CRY LVATKNKLMQ YPSTNKFVRM QNQYIMDLTN YLYRNKVLSS KSLFGVSPDF FKQILENLYI PTADFKNAKF FTITGIP AL SYICIIILRR LETAENTKIK FTSGIINEET FNNFFRVHHD EIGQHGWIKG VNNIHDLRVK ILMHLSNTAN PYRDIAAF L FTYLKSLSKY SVQNS

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF3

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分子 #2: Inner kinetochore subunit MCM16

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.438359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SNAMTNSSEK QWERIQQLEK EHVEVYRELL ITLDRLYLIR KHNHAVILSH TQQRLLEIRH QLQINLEKTA LLIRLLEKPD NTNVLFTKL QNLLEESNSL DYELLQSLGA QSSLHKQLIE SRAERDELMS KLIELSSKFP KPTIPPDDSD TAGKQVEVEK E NETIQELM IALQIHSGYT NISYTI

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM16

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分子 #3: Inner kinetochore subunit MCM22

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.874799 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMDVEKDV LDVYIKNLEN QIGNKRYFLK QAQGAIDEIT KRSLDTEGKP VNSEVFTELL RKPMFFSERA DPIGFSLTSN FLSLRAQSS SEWLSLMNDQ SVDQKAMLLL QNNINSDLKE LLRKLQHQMT IMDSKKQDHA HIRTRKARNK ELWDSLADFL K GYLVPNLD ...文字列:
SNAMDVEKDV LDVYIKNLEN QIGNKRYFLK QAQGAIDEIT KRSLDTEGKP VNSEVFTELL RKPMFFSERA DPIGFSLTSN FLSLRAQSS SEWLSLMNDQ SVDQKAMLLL QNNINSDLKE LLRKLQHQMT IMDSKKQDHA HIRTRKARNK ELWDSLADFL K GYLVPNLD DNDESIDSLT NEVMLLMKRL IEHDLNLTLN DFSSKTIPIY RLLLRANIIT VIEGSTNPGT KYIKLIDFNE TS LT

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM22

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Recombinant protein frozen in vitreous ice

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Counting mode
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: de novo initial model from a screening dataset (RELION-3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71632
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6oua:
Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る