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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2012 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-EM Structure of the Archaeal 50S Ribosomal Subunit in Complex with Initiation Factor 6 | |||||||||
マップデータ | Structure of the M. thermautotrophicus 50S-aIF6 complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | 50S ribosomal subunit / protein synthesis / initiation factor 6 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / assembly of large subunit precursor of preribosome ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / ubiquitin protein ligase binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Greber BJ / Boehringer D / Godinic-Mikulcic V / Crnkovic A / Ibba M / Weygand-Durasevic I / Ban N | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Cryo-EM structure of the archaeal 50S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6 and implications for ribosome evolution. 著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Vlatka Godinic-Mikulcic / Ana Crnkovic / Michael Ibba / Ivana Weygand-Durasevic / Nenad Ban / 要旨: Translation of mRNA into proteins by the ribosome is universally conserved in all cellular life. The composition and complexity of the translation machinery differ markedly between the three domains ...Translation of mRNA into proteins by the ribosome is universally conserved in all cellular life. The composition and complexity of the translation machinery differ markedly between the three domains of life. Organisms from the domain Archaea show an intermediate level of complexity, sharing several additional components of the translation machinery with eukaryotes that are absent in bacteria. One of these translation factors is initiation factor 6 (IF6), which associates with the large ribosomal subunit. We have reconstructed the 50S ribosomal subunit from the archaeon Methanothermobacter thermautotrophicus in complex with archaeal IF6 at 6.6 Å resolution using cryo-electron microscopy (EM). The structure provides detailed architectural insights into the 50S ribosomal subunit from a methanogenic archaeon through identification of the rRNA expansion segments and ribosomal proteins that are shared between this archaeal ribosome and eukaryotic ribosomes but are mostly absent in bacteria and in some archaeal lineages. Furthermore, the structure reveals that, in spite of highly divergent evolutionary trajectories of the ribosomal particle and the acquisition of novel functions of IF6 in eukaryotes, the molecular binding of IF6 on the ribosome is conserved between eukaryotes and archaea. The structure also provides a snapshot of the reductive evolution of the archaeal ribosome and offers new insights into the evolution of the translation system in archaea. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2012.map.gz | 19.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2012-v30.xml emd-2012.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD2012_image_for_emdb.jpg | 165.1 KB | ||
マスクデータ | emd_2012_msk_1.map | 22.2 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2012 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2012 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2012_validation.pdf.gz | 290.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2012_full_validation.pdf.gz | 289.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2012_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2012 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2012 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the M. thermautotrophicus 50S-aIF6 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: NONE
注釈 | NONE | ||||||||||||
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ファイル | emd_2012_msk_1.map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 50S ribosomal subunit in complex with archaeal initiation factor 6
全体 | 名称: 50S ribosomal subunit in complex with archaeal initiation factor 6 |
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要素 |
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-超分子 #1000: 50S ribosomal subunit in complex with archaeal initiation factor 6
超分子 | 名称: 50S ribosomal subunit in complex with archaeal initiation factor 6 タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: none / 集合状態: Equimolar complex of 50S and aIF6 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-超分子 #1: Methanothermobacter thermautotrophicus 50S ribosomal subunit
超分子 | 名称: Methanothermobacter thermautotrophicus 50S ribosomal subunit タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Large ribosomal subunit / 組換発現: No Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, LSU RNA 23S, LSU RNA 5S |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-分子 #1: aIF6
分子 | 名称: aIF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: archaeal initiation factor 6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 理論値: 23 KDa |
配列 | UniProtKB: Translation initiation factor 6 / InterPro: Translation initiation factor IF6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8, 20 mM MgCl2, 50 mM NH4Cl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo |
グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon grid R2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: manual blotting |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 平均: 87 K |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 83000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: per frame |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic-5, SPIDER / 使用した粒子像数: 70364 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | PDB-4adx: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: 3o58 |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | PDB-4adx: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: 4a17 |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | PDB-4adx: |