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万見- EMDB-20081: CryoEM structure of Arabidopsis DDR' complex (DRD1 peptide-DMS3-RDM1) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20081 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Arabidopsis DDR' complex (DRD1 peptide-DMS3-RDM1) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SMC-hinge / Coiled-coil / SNF2 / RNA-directed DNA methylation / PLANT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of gene silencing by regulatory ncRNA / RNA polymerase IV transcription regulator complex / regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / : / : / : / : / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / ATP-dependent chromatin remodeler activity => GO:0140658 / RNA polymerase V complex ...regulation of gene silencing by regulatory ncRNA / RNA polymerase IV transcription regulator complex / regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / : / : / : / : / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / ATP-dependent chromatin remodeler activity => GO:0140658 / RNA polymerase V complex / : / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / regulation of miRNA-mediated gene silencing / siRNA processing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / positive regulation of chromatin binding / cellular response to exogenous dsRNA / defense response to fungus / pericentric heterochromatin / helicase activity / hydrolase activity / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wongpalee SP / Liu S | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: CryoEM structures of Arabidopsis DDR complexes involved in RNA-directed DNA methylation. 著者: Somsakul Pop Wongpalee / Shiheng Liu / Javier Gallego-Bartolomé / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Wanlu Liu / Linda Yen / Maria A Nohales / Peggy Hsuanyu Kuo / Ajay A Vashisht / James ...著者: Somsakul Pop Wongpalee / Shiheng Liu / Javier Gallego-Bartolomé / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Wanlu Liu / Linda Yen / Maria A Nohales / Peggy Hsuanyu Kuo / Ajay A Vashisht / James A Wohlschlegel / Suhua Feng / Steve A Kay / Z Hong Zhou / Steven E Jacobsen / 要旨: Transcription by RNA polymerase V (Pol V) in plants is required for RNA-directed DNA methylation, leading to transcriptional gene silencing. Global chromatin association of Pol V requires components ...Transcription by RNA polymerase V (Pol V) in plants is required for RNA-directed DNA methylation, leading to transcriptional gene silencing. Global chromatin association of Pol V requires components of the DDR complex DRD1, DMS3 and RDM1, but the assembly process of this complex and the underlying mechanism for Pol V recruitment remain unknown. Here we show that all DDR complex components co-localize with Pol V, and we report the cryoEM structures of two complexes associated with Pol V recruitment-DR (DMS3-RDM1) and DDR' (DMS3-RDM1-DRD1 peptide), at 3.6 Å and 3.5 Å resolution, respectively. RDM1 dimerization at the center frames the assembly of the entire complex and mediates interactions between DMS3 and DRD1 with a stoichiometry of 1 DRD1:4 DMS3:2 RDM1. DRD1 binding to the DR complex induces a drastic movement of a DMS3 coiled-coil helix bundle. We hypothesize that both complexes are functional intermediates that mediate Pol V recruitment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20081.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20081-v30.xml emd-20081.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20081.png | 58.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20081.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20081 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20081 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20081_validation.pdf.gz | 498.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20081_full_validation.pdf.gz | 498.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20081_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20081_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20081 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20081 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20081.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DDR' complex of DRD1 peptide with DMS3 and RDM1
全体 | 名称: DDR' complex of DRD1 peptide with DMS3 and RDM1 |
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要素 |
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-超分子 #1: DDR' complex of DRD1 peptide with DMS3 and RDM1
超分子 | 名称: DDR' complex of DRD1 peptide with DMS3 and RDM1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Protein RDM1
分子 | 名称: Protein RDM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 20.072426 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SQDPSSMTME LRPSGDSGSS DVDAEISDGF SPLDTSHRDV ADEGSLLRRA EMYQDYMKQV PIPTNRGSLI PFTSWVGLS ISMKQLYGQP LHYLTNVLLQ RWDQSRFGTD SEEQRLDSII HPTKAEATIW LVEEIHRLTP SHLHMALLWR S DPMYHSFI DPIFPEK UniProtKB: Protein RDM1 |
-分子 #2: Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3
分子 | 名称: Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 49.821352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MADLYPTGQQ ISFQTTPLNV QDPTRMMNLD QSSPVARNET QNGGGIAHAE FAMFNSKRLE SDLEAMGNKI KQHEDNLKFL KSQKNKMDE AIVDLQVHMS KLNSSPTPRS ENSDNSLQGE DINAQILRHE NSAAGVLSLV ETLHGAQASQ LMLTKGVVGV V AKLGKVND ...文字列: MADLYPTGQQ ISFQTTPLNV QDPTRMMNLD QSSPVARNET QNGGGIAHAE FAMFNSKRLE SDLEAMGNKI KQHEDNLKFL KSQKNKMDE AIVDLQVHMS KLNSSPTPRS ENSDNSLQGE DINAQILRHE NSAAGVLSLV ETLHGAQASQ LMLTKGVVGV V AKLGKVND ENLSQILSNY LGTRSMLAVV CRNYESVTAL EAYDNHGNID INAGLHCLGS SIGREIGDSF DAICLENLRP YV GQHIADD LQRRLDLLKP KLPNGECPPG FLGFAVNMIQ IDPAYLLCVT SYGYGLRETL FYNLFSRLQV YKTRADMISA LPC ISDGAV SLDGGIIRKT GIFNLGNRDE VNVRFAKPTA SRTMDNYSEA EKKMKELKWK KEKTLEDIKR EQVLREHAVF NFGK KKEEF VRCLAQSSCT NQPMNTPRGT LESGKETAAA KFERQHMDSS TSAA UniProtKB: Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3 |
-分子 #3: Protein CHROMATIN REMODELING 35
分子 | 名称: Protein CHROMATIN REMODELING 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 7.915782 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GEFFAVSNML EALDSGKFGS VSKELEEIAD MRMDLVKRSI WLYPSLAYTV FEAEKTMDGG GGSDYKDDDD K UniProtKB: Protein CHROMATIN REMODELING 35 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 620248 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |