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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sxj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Eukaryotic Clamp Loader (Replication Factor C, RFC) Bound to the DNA Sliding Clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen, PCNA) | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / CLAMP LOADER / PROCESSIVITY CLAMP / DNA SLIDING CLAMP / AAA+ ATPASE / DNA POLYMERASE / DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex ...DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / DNA clamp loader activity / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / PCNA complex / DNA replication checkpoint signaling / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / translesion synthesis / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Bowman, G.D. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2004 タイトル: Structural analysis of a eukaryotic sliding DNA clamp-clamp loader complex. 著者: Bowman, G.D. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The actual sequence of the region 697-747 (shown as UNK in SEQRES) is ...SEQUENCE The actual sequence of the region 697-747 (shown as UNK in SEQRES) is DKIGLRLDYLPTFRKRLLDPFLKQGADAISSVIEVMDDYYLTKEDWDSIME |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sxj.cif.gz | 465.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sxj.ent.gz | 375.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sxj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sxj_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sxj_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1sxj_validation.xml.gz | 99.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sxj_validation.cif.gz | 131.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/1sxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/1sxj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ABDFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 56377.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC1, CDC44, YOR217W, YOR50-7 / プラスミド: pLANT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38630 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36171.977 Da / 分子数: 1 / Mutation: R162Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40339 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39765.410 Da / 分子数: 1 / Mutation: R160Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40348 |
#6: タンパク質 | 分子量: 32053.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15873 |
-Activator 1 40 kDa ... , 2種, 2分子 CE
#3: タンパク質 | 分子量: 38225.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: R165Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38629 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 39964.520 Da / 分子数: 1 / Mutation: R184Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / プラスミド: pLANT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38251 |
-非ポリマー , 3種, 9分子
#7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 化合物 | ChemComp-AGS / #9: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 3350, sodium chloride, CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.85→100 Å / Num. all: 139719 / Num. obs: 132895 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7230 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 100 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: 1PLQ, 1JR3, 1NJF, 1IQP 解像度: 2.85→48.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 122662.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: IN CHAIN A, IT WAS NOT POSSIBLE TO UNAMBIGUOUSLY DETERMINE THE SEQUENCE REGISTER FOR RESIDUES 697 TO 747. THESE RESIDUES ARE THEREFORE DESIGNATED UNK TO INDICATE THIS AMBIGUITY. IN CHAIN E, ...詳細: IN CHAIN A, IT WAS NOT POSSIBLE TO UNAMBIGUOUSLY DETERMINE THE SEQUENCE REGISTER FOR RESIDUES 697 TO 747. THESE RESIDUES ARE THEREFORE DESIGNATED UNK TO INDICATE THIS AMBIGUITY. IN CHAIN E, RESIDUES 86 TO 121 ARE GIVEN THE AMINO ACID TYPES THAT CORRESPOND TO THE GENE NUMBERING, HOWEVER THE SEQUENCE REGISTER MAY BE INCORRECT DUE TO A LACK OF DENSITY FOR FLANKING LOOPS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1289 Å2 / ksol: 0.280894 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 1.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 91.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.429 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.398 |