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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fha | ||||||
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タイトル | SOLVING THE STRUCTURE OF HUMAN H FERRITIN BY GENETICALLY ENGINEERING INTERMOLECULAR CRYSTAL CONTACTS | ||||||
要素 | FERRITIN | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / IRON STORAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / autophagosome / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Artymiuk, P.J. / Harrison, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1991 タイトル: Solving the structure of human H ferritin by genetically engineering intermolecular crystal contacts. 著者: Lawson, D.M. / Artymiuk, P.J. / Yewdall, S.J. / Smith, J.M. / Livingstone, J.C. / Treffry, A. / Luzzago, A. / Levi, S. / Arosio, P. / Cesareni, G. / Thomas, C.D. / Shaw, W.V. / Harrison, P.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE IS A STRAND FROM 84 TO 86 THAT FORMS A TENUOUS TWO-STRANDED ANIT-PARALLEL BETA SHEET ...SHEET THERE IS A STRAND FROM 84 TO 86 THAT FORMS A TENUOUS TWO-STRANDED ANIT-PARALLEL BETA SHEET WITH THE EQUIVALENT STRAND IN A TWO-FOLD RELATED SUBUNIT. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fha.cif.gz | 47.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fha.ent.gz | 34.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fha_validation.pdf.gz | 369.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fha_full_validation.pdf.gz | 373.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fha_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fha_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/1fha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/1fha | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24|||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 161 IS A CIS PROLINE. | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21254.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02794 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE FERROXIDASE CENTER WHICH CATALYSES THE OXIDATION OF FE(II) TO FE(III) INVOLVES THE FOLLOWING ...THE FERROXIDAS | 配列の詳細 | THE FERRITIN SEQUENCE CLONED IN ESCHERICHIA COLI WAS THAT OF HOMO SAPIENS EXCEPT THAT LYS 86 WAS ...THE FERRITIN SEQUENCE CLONED IN ESCHERICHI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 10318 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 54965 / Rmerge(I) obs: 0.128 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.205 / 最高解像度: 2.4 Å 詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY GENETICALLY ENGINEERING INTERMOLECULAR CRYSTAL CONTACTS FROM THE KNOWN STRUCTURE OF HORSE L CHAIN FERRITIN INTO HUMAN H CHAIN FERRITIN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |