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万見
- PDB-1xvp: crystal structure of CAR/RXR heterodimer bound with SRC1 peptide,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xvp
タイトルcrystal structure of CAR/RXR heterodimer bound with SRC1 peptide, fatty acid and CITCO
要素
  • Orphan nuclear receptor NR1I3
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
  • nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CAR / RXR / CITCO / SRC1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / nuclear vitamin D receptor binding / positive regulation of female receptivity / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / cell differentiation / cytoskeleton / receptor complex / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Thyroid hormone receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Thyroid hormone receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CID / PENTADECANOIC ACID / : / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 3 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xu, R.X. / Lambert, M.H. / Wisely, B.B. / Warren, E.N. / Weinert, E.E. / Waitt, G.M. / Williams, J.D. / Moore, L.B. / Willson, T.M. / Moore, J.T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: A Structural Basis for Constitutive Activity in the Human CAR/RXRalpha Heterodimer.
著者: Xu, R.X. / Lambert, M.H. / Wisely, B.B. / Warren, E.N. / Weinert, E.E. / Waitt, G.M. / Williams, J.D. / Collins, J.L. / Moore, L.B. / Willson, T.M. / Moore, J.T.
履歴
登録2004年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月30日Group: Other / Source and taxonomy
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Orphan nuclear receptor NR1I3
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Orphan nuclear receptor NR1I3
E: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
F: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
G: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
H: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,03511
ポリマ－116,1138
非ポリマー9223
水1,76598
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Orphan nuclear receptor NR1I3
E: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
F: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2995
ポリマ－58,0564
非ポリマー2421
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Orphan nuclear receptor NR1I3
G: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
H: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7366
ポリマ－58,0564
非ポリマー6792
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area43040 Å2
手法PISA
4
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Orphan nuclear receptor NR1I3
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Orphan nuclear receptor NR1I3
E: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
G: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7679
ポリマ－112,8456
非ポリマー9223
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area42280 Å2
手法PISA
5
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
E: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
G: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7726
ポリマ－56,2874
非ポリマー4852
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.020, 128.020, 212.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Constitutive androstane receptor / CAR / Orphan nuclear receptor MB67


分子量: 26509.701 Da / 分子数: 2 / 断片: LBD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I3, CAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Orphan nuclear receptor NR1I3 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 28278.959 Da / 分子数: 2 / 断片: LBD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14994

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タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 EFGH

#3: タンパク質・ペプチド
nuclear receptor coactivator 1 isoform 1


分子量: 1633.916 Da / 分子数: 4 / 断片: Synthetic peptide-13 residues / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 22538455, UniProt: Q15788*PLUS

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非ポリマー , 3種, 101分子

#4: 化合物 ChemComp-F15 / PENTADECANOIC ACID / ペンタデカン酸


分子量: 242.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O2
#5: 化合物 ChemComp-CID / 6-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZO[2,1-B][1,3]THIAZOLE-5-CARBALDEHYDE O-(3,4-DICHLOROBENZYL)OXIME / 6-(4-クロロフェニル)イミダゾ[2,1-b]チアゾ-ル-5-カルボアルデヒドO-(3,4-ジクロロベンジル)オキシム


分子量: 436.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12Cl3N3OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Lisium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月13日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 62518 / Num. obs: 53979 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4525 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 73.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: coordinates from twinned data restrained individual B-refinement with the twinning operator= -k,-h,-l twinning fraction= 0.401
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3122 -random
Rwork0.18 ---
all0.18 62518 --
obs0.18 53979 86.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8063 0 61 98 8222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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