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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ws2 | ||||||
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タイトル | urate oxidase from aspergillus flavus complexed with 5,6-diaminouracil | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / uric acid degradation / dimeric barrel / tunnel-shaped protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Urate oxidase from Aspergillus flavus: new crystal-packing contacts in relation to the content of the active site. 著者: Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the protein drug urate oxidase-inhibitor complex at 2.05 A resolution 著者: Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Bachet, B. / L'Hermite, G. / Schiltz, M. / Castro, B. / Mornon, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ws2.cif.gz | 241.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ws2.ent.gz | 196.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ws2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/1ws2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/1ws2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains the biological homotetrameric assembly |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34199.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase #2: 化合物 | ChemComp-URN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.972 / 波長: 0.972 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月13日 / 詳細: CURVATED MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→32.1 Å / Num. obs: 48554 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 15.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R51 解像度: 2.7→15 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.923 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å
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