PDB-1wrr: Urate oxidase from aspergillus flavus complexed with 5-amino 6-ni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wrr

タイトル

Urate oxidase from aspergillus flavus complexed with 5-amino 6-nitro uracil

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / uric acid degradation / dimeric barrel / tunnel-shaped protein

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SIR under pressure of noble gaz / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Urate oxidase from Aspergillus flavus: new crystal-packing contacts in relation to the content of the active site.
著者: Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T.

履歴

登録	2004年10月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wrr.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wrr.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wrr_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wrr_full_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示
XML形式データ	1wrr_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	1wrr_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/1wrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/1wrr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ws2C 1ws3C 1xt4C 1xxjC 1xy3C 1r4s 1r4u 1r51 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p9o-1 3pk8-1 4op6-1 4d13-1 1r4s-1 4d17-1 1r4u-1 2icq-1 3pk5-1 1r56-2 2fxl-1 1r56-1 4d19-1 3pk6-1 3ple-1 3pkg-1 3pkt-1 2zka-1 2iba-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Uricase

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.385, 96.469, 106.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Uricase / urate oxidase 分子量: 34199.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-UNC / 5-AMINO-6-NITROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-AMINO 6-NITRO URACIL 分子量: 172.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8.5MG/ML PROTEIN, 0.2MG/ML DIAMINOURACIL, 5-7%(W/V) PEG 8000, 100MM TRIS/HCL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 283 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月25日 / 詳細: curvated mirrors
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→35 Å / Num. obs: 48554 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 28.5 Å² / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.64→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / R_sym value: 0.285 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5	精密化
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法: SIR under pressure of noble gaz / 解像度: 1.64→28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.343 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: The structre was refined also with buster-TNT. The final refinement statistics were derived from REFMAC 5. Major refinement was proceeded using BUSTER-TNT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18518	5098	10.1 %	RANDOM
R_work	0.16798	-	-	-
obs	0.1697	45587	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.976 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2362	0	12	215	2589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.936	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.445	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.562	24.655	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.43	15	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.961	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.627	1.5	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.062	2	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.587	3	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.834	4.5	917
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.682 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	371	-
R_work	0.249	3301	-
obs	-	-	99.57 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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