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万見
- PDB-1woz: Crystal structure of uncharacterized protein ST1454 from Sulfolob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1woz
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein ST1454 from Sulfolobus tokodaii
要素177aa long conserved hypothetical protein (ST1454)
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-POG / PduO-type ATP--cob(I)alamin adenosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sasaki, T. / Tanaka, Y. / Yasutake, Y. / Yao, M. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. / Kumagai, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the uncharacterized protein ST1454 from Sulfolobus tokodaii.
著者: Sasaki, T. / Tanaka, Y. / Yasutake, Y. / Yao, M. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. / Kumagai, I.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: 177aa long conserved hypothetical protein (ST1454)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0332
ポリマ－20,6081
非ポリマー4251
水1,78399
1
A: 177aa long conserved hypothetical protein (ST1454)
ヘテロ分子

A: 177aa long conserved hypothetical protein (ST1454)
ヘテロ分子

A: 177aa long conserved hypothetical protein (ST1454)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0986
ポリマ－61,8243
非ポリマー1,2743
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)84.670, 84.670, 84.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -z+1/2, -x, y+1/2 and -y, z-1/2, -x+1/2.

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要素

#1: タンパク質 177aa long conserved hypothetical protein (ST1454)


分子量: 20608.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: ST1454 / プラスミド: pET20B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q970Z7
#2: 化合物 ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL, HEPTAPROPYLENE GLYCOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: HEPES buffer, Ammonium sulfate, PEG400, Polypropylene glycol 400, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97967, 0.97997, 0.9000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979671
20.979971
30.91
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 15276 / Num. obs: 15276 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 19.7 % / Num. unique all: 1502 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1537 -RANDOM
Rwork0.1739 ---
all-15249 --
obs-15249 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å-0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1299 0 6 99 1404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011622
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5048
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.50221
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.77985
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.214
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.293
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.223
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.01 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 166 -
Rwork0.1668 --
obs-1498 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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