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万見
- PDB-1wle: Crystal Structure of mammalian mitochondrial seryl-tRNA synthetas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wle
タイトルCrystal Structure of mammalian mitochondrial seryl-tRNA synthetase complexed with seryl-adenylate
要素Seryl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mitochondrial seryl-tRNA aminoacylation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SERYL ADENYLATE / Serine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Chimnaronk, S. / Jeppesen, M.G. / Suzuki, T. / Nyborg, J. / Watanabe, K.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Dual-mode recognition of noncanonical tRNAs(Ser) by seryl-tRNA synthetase in mammalian mitochondria
著者: Chimnaronk, S. / Jeppesen, M.G. / Suzuki, T. / Nyborg, J. / Watanabe, K.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Characterization and tRNA recognition of mammalian mitochondrial seryl-tRNA synthetase
著者: Yokogawa, T. / Shimada, N. / Takeuchi, N. / Benkowski, L. / Suzuki, T. / Omori, A. / Ueda, T. / Nishikawa, K. / Spremulli, L.L. / Watanabe, K.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Dual mode recognition of two isoacceptor tRNAs by mammalian mitochondrial seryl-tRNA synthetase
著者: Shimada, N. / Suzuki, T. / Watanabe, K.
#3: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of mammalian mitochondrial seryl-tRNA synthetase
著者: Chimnaronk, S. / Jeppesen, M.G. / Shimada, N. / Suzuki, T. / Nyborg, J. / Watanabe, K.
履歴
登録2004年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seryl-tRNA synthetase
B: Seryl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9954
ポリマ－113,1262
非ポリマー8692
水11,007611
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.864, 230.350, 135.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a homodimer found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Seryl-tRNA synthetase / mitochondrial seryl-tRNA synthetase / Serine--tRNA ligase / SerRSmt


分子量: 56563.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SerRSmt / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta (Novagen) / 参照: UniProt: Q9N0F3, serine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-SRP / SERYL ADENYLATE / (L-セリル)アデニレ-ト


分子量: 434.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N6O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 8000, lithium sulfate, MES-NaOH, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月6日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→99 Å / Num. all: 145408 / Num. obs: 145408 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -0.3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 21.206 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 9594 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1SRY

1sry


解像度: 1.65→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2256 14531 9.7 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all-144630 --
obs-144630 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: THROUGHOUT / Bsol: 63.3399 Å2 / ksol: 0.483133 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.421 Å20 Å20 Å2
2---2.233 Å20 Å2
3---3.654 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7437 0 58 611 8106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005175
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35365
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.12441
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8152
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.169
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.844
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.819
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.756
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 1420 9.53 %
Rwork0.2777 12400 -
obs-13820 0.9273 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: SMP.PARAM / Topol file: SMP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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