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- PDB-1w7q: Feglymycin P65 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w7q
タイトルFeglymycin P65 crystal form
要素FEGLYMYCIN
キーワードANTIBIOTIC / ANTIVIRAL / ANTI HIV / ANTIBACTERIAL
機能・相同性FEGLYMYCIN / ETHANOL / :
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES SP. (バクテリア)
手法X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005
タイトル: The Antiviral Antibiotic Feglymycin: First Direct Methods Solution of a 1000Plus Equal-Atom Structure
著者: Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2004年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.42018年5月30日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FEGLYMYCIN
B: FEGLYMYCIN
C: FEGLYMYCIN
D: FEGLYMYCIN
E: FEGLYMYCIN
F: FEGLYMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,93248
ポリマ－11,4056
非ポリマー2,52742
水1,38777
1
A: FEGLYMYCIN
B: FEGLYMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,05723
ポリマ－3,8022
非ポリマー1,25521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: FEGLYMYCIN
F: FEGLYMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1127
ポリマ－3,8022
非ポリマー3105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
D: FEGLYMYCIN
E: FEGLYMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,76318
ポリマ－3,8022
非ポリマー96116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.544, 83.544, 35.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.59017, 0.7284, -0.34803), (0.76397, 0.36462, -0.53236), (-0.26088, -0.58007, -0.77166)-8.30998, 24.46642, 49.15743
2given(0.98557, -0.01927, 0.16816), (-0.0326, 0.95329, 0.30029), (-0.16609, -0.30144, 0.93891)-6.79917, 12.01521, 31.48958
3given(-0.50762, 0.86158, 0.0001), (0.86158, 0.50762, -0.00061), (-0.00057, -0.00023, -1)0.45854, -0.17609, -11.8395
4given(0.92004, -0.16985, 0.3531), (-0.06171, 0.8271, 0.55866), (-0.38694, -0.53577, 0.75048)-2.92988, 31.74117, 59.32485
5given(-0.49292, 0.86257, -0.11404), (0.85133, 0.45108, -0.2679), (-0.17965, -0.22914, -0.95667)-9.64514, 8.34192, 17.25547

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
FEGLYMYCIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗菌剤, Antiretroviral / 分子量: 1900.854 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 由来: (天然) STREPTOMYCES SP. (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01081, FEGLYMYCIN
#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE FEGLYMYCIN IS A A LINEAR TRIDECAMER PEPTIDE HERE, FEGLYMYCIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE ...THE FEGLYMYCIN IS A A LINEAR TRIDECAMER PEPTIDE HERE, FEGLYMYCIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: FEGLYMYCIN CHAIN: A, B, C, D, E, F COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 13 DESCRIPTION: FEGLYMYCIN IS A LINEAR HELICAL TRIDECAMER PEPTIDE
非ポリマーの詳細EDO - THE PEG8000 USED IN CRYSTALLISATION WAS BUILT IN THE MODEL AS A SERIES OF CONNECTED ETHYLENE ...EDO - THE PEG8000 USED IN CRYSTALLISATION WAS BUILT IN THE MODEL AS A SERIES OF CONNECTED ETHYLENE GLYCOL UNITS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: MEROHEDRAL TWIN, APPARENT SPACE GROUP P6522
結晶化pH: 8.4 / 詳細: 0.1 M TRIS/TRISHCL PH=8.4, 4% PEG8000, pH 8.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M06XCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月10日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→72.35 Å / Num. obs: 57985 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.97 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.31
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 4.64 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.1→72.35 Å / Num. parameters: 9811 / Num. restraintsaints: 13414 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: TWIN FRACTION 0.51
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2901 5 %THIN SHELLS
all0.1692 57958 --
obs0.1689 -100 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 646 / Occupancy sum non hydrogen: 1026
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→72.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数828 0 122 77 1027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.292
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.111
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.105
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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