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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w3m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tsushimycin | ||||||
要素 | TSUSHIMYCIN | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) / AMPHOMYCIN / DAPTOMYCIN (ダプトマイシン) / LIPOPETIDE / ANTIBACTERIAL (抗生物質) | ||||||
機能・相同性 | Tsushimycin / エタノール / Delta-3isotetradecenoic acid / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ACTINOPLANES FRIULIENSIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2005 タイトル: Structure of the lipopeptide antibiotic tsushimycin. 著者: Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w3m.cif.gz | 88.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w3m.ent.gz | 74.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w3m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/1w3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/1w3m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
-非ポリマー , 5種, 255分子 ABCDEFGHIJKL
#2: 化合物 | ChemComp-LNG / タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 226.355 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O2 詳細: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID ...詳細: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID IS LINKED TO THE RESIDUE 1 参照: Tsushimycin #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-EOH / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC DODEDECAMER LIPOPETIDE. HERE, TSUSHIMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING ...TSUSHIMYCI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M NAAC/HAC PH=4.0 0.12 M HAC 38% ETOH 0.80 M CACL2 0.40 M 1,6-HEXANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→26.02 Å / Num. obs: 355145 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.49 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.1 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1→99 Å / Num. parameters: 11896 / Num. restraintsaints: 14162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER GENERATED USING CCDC
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Refine analyze | Num. disordered residues: 26 / Occupancy sum hydrogen: 829 / Occupancy sum non hydrogen: 1259.82 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→99 Å
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拘束条件 |
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