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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ux0 | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis cytidine deaminase with an Arg56 - Gln substitution | ||||||
![]() | CYTIDINE DEAMINASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / CYTIDINE DEAMINASE / CDD / TETRAMER / ZINC BINDING / PYRIMIDINE METABOLISM / SALVAGE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytidine deaminase / cytidine deamination / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johansson, E. / Neuhard, J. / Willemoes, M. / Larsen, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural, Kinetic, and Mutational Studies of the Zinc Ion Environment in Tetrameric Cytidine Deaminase 著者: Johansson, E. / Neuhard, J. / Willemoes, M. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999936, 0.001283, -0.011201), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14839.948 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION ARG 56 GLN IN CHAINS A AND B. THIS ENZYME SCAVENGES EXOGENOUS AND ENDOGENOUS ...ENGINEERED | 配列の詳細 | THIS IS AN R56Q MUTANT ENZYME | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: VAPOUR DIFFUSION AT RT: PROTEIN: 4.6 MG/ML + 5 MM TETRAHYDRODEOXYURIDINE PRECIPITANT: 17-23 % MPD, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→20 Å / Num. obs: 16761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JTK 解像度: 1.99→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1404991.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.6491 Å2 / ksol: 0.335711 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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