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- PDB-1uum: Rat dihydroorotate dehydrogenase (DHOD)in complex with atovaquone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uum
タイトルRat dihydroorotate dehydrogenase (DHOD)in complex with atovaquone
要素DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE / BREQUINAR / ATOVAQUONE / NUCLEOTIDE METABOLISM / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / FAD / FLAVOPROTEIN / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / response to L-arginine / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / UDP biosynthetic process / response to caffeine / response to starvation ...Pyrimidine biosynthesis / response to L-arginine / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / UDP biosynthetic process / response to caffeine / response to starvation / regulation of mitochondrial fission / ubiquinone binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / : / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / quinone binding / lactation / female pregnancy / FMN binding / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AFI / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS RATTUS (エジプトネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hansen, M. / Le Nours, J. / Johansson, E. / Antal, T. / Ullrich, A. / Loffler, M. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Inhibitor Binding in a Class 2 Dihydroorotate Dehydrogenase Causes Variations in the Membrane-Associated N-Terminal Domain
著者: Hansen, M. / Le Nours, J. / Johansson, E. / Antal, T. / Ullrich, A. / Loffler, M. / Larsen, S.
履歴
登録2004年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
B: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,22510
ポリマ－80,6822
非ポリマー2,5438
水3,693205
1
A: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6135
ポリマ－40,3411
非ポリマー1,2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6135
ポリマ－40,3411
非ポリマー1,2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.150, 133.150, 50.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.5, 0.866), (-0.866, 0.5), (1) / ベクター: -66.57247, 115.32687, 75.21201)

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / DIHYDROOROTATE OXIDASE / DHODEHASE


分子量: 40340.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RATTUS RATTUS (エジプトネズミ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63707, EC: 1.3.99.11
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-AFI / 2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE


分子量: 366.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: (S)-DIHYDROOROTATE + O2 = OROTATE + H2O2
配列の詳細29 FIRST RESIDUES IN N-TERMINAL DELETED AND HIS-TAQ ADDED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION HANGING DROP WITH MOTHER LIQUOR, 5% PEG400, 1.9 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.6, PROTEIN SOLUTION: 15 MG/ML PROTEIN, 2 MM OROTATE, 0.1 % BETA-OCTYLGLUCOSIDE, 0.1 MM ATOVAQUONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 44018 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.306 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2183 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 43995 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1905 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å22.35 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5316 0 176 205 5697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 332 4.6 %
Rwork0.255 6937 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMLIGAND_NEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LIGAND_NEW.PAR
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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