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- PDB-1uhk: Crystal structure of n-aequorin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uhk
タイトルCrystal structure of n-aequorin
要素Aequorin 2
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / 4 EF-hand motif / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZN / Aequorin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Toma, S. / Chong, K.T. / Nakagawa, A. / Teranishi, K. / Inouye, S. / Shimomura, O.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: The crystal structures of semi-synthetic aequorins
著者: Toma, S. / Chong, K.T. / Nakagawa, A. / Teranishi, K. / Inouye, S. / Shimomura, O.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aequorin 2
B: Aequorin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2994
ポリマ－43,3162
非ポリマー9832
水8,935496
1
A: Aequorin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1502
ポリマ－21,6581
非ポリマー4921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aequorin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1502
ポリマ－21,6581
非ポリマー4921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.223, 57.038, 57.768
Angle α, β, γ (deg.)72.35, 79.97, 67.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERPROPRO2AA5 - 807 - 82
211SERSERPROPRO2BB5 - 807 - 82
321GLNGLNARGARG2AA120 - 150122 - 152
421GLNGLNARGARG2BB120 - 150122 - 152
531PHEPHEPROPRO2AA172 - 189174 - 191
631PHEPHEPROPRO2BB172 - 189174 - 191
741ALAALAASPASP3AA81 - 11983 - 121
841ALAALAASPASP3BB81 - 11983 - 121
112CZNCZNCZNCZN4AC1001
212CZNCZNCZNCZN4BD2001

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Aequorin 2 / aequorin


分子量: 21658.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: PIP-HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02592
#2: 化合物 ChemComp-CZN / (2S,8R)-8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-6-(4-HYDROXYPHENYL)-2-(2-NAPHTHYLMETHYL)-7,8-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3(2H)-ONE / N-COELENETERAZINE


分子量: 491.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H25N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: Ammonium sulfate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: OXFORD PX210 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.5 Å / Num. all: 50773 / Num. obs: 50773 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.2 % / Rsym value: 0.131 / % possible all: 79.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.68 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19854 2362 5 %RANDOM
Rwork0.16401 ---
obs0.1657 45000 93.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.03 Å20.02 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3048 0 74 496 3618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9584346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93636364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0365380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.23192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21598
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2660.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.51892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42523026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47131314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9834.51320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11965tight positional0.060.05
111125medium positional0.380.5
2260medium positional0.040.5
11390loose positional0.515
11965tight thermal0.260.5
111125medium thermal0.822
2260medium thermal0.562
11390loose thermal1.1710
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.218 129
Rwork0.231 2284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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