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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u4g | ||||||
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タイトル | Elastase of Pseudomonas aeruginosa with an inhibitor | ||||||
要素 | Elastase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / x-ray structure / Elastase / inhibition / peptidase family M4 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Bitto, E. / McKay, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published / 年: 2004 タイトル: Elastase of Pseudomonas aeruginosa with an inhibitor 著者: Bitto, E. / McKay, D.B. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: Three-dimensional structure of the elastase of Pseudomonas aeruginosa at 1.5-A resolution 著者: Thayer, M.M. / Flaherty, K.M. / McKay, D.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Structural comparison suggests that thermolysin and related neutral proteases undergo hinge-bending motion during catalysis 著者: Holland, D.R. / Tronrud, D.E. / Pley, H.W. / Flaherty, K.M. / Stark, W. / Jansonius, J.N. / McKay, D.B. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u4g.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u4g.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u4g_validation.pdf.gz | 790.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u4g_full_validation.pdf.gz | 794.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u4g_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u4g_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ezmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33175.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: protein from Nagase, Japan; isolated as extracellular protease from cultures of Pseudomonas aeruginosa 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Secretion: extracellular / 参照: UniProt: P14756, pseudolysin |
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-非ポリマー , 5種, 231分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-HPI / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulfate 1 mM, inhibitor, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: ssrl bl 11-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 57704 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Rsym value: 0.121 / % possible all: 73.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EZM 解像度: 1.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.82 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 1.4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
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拘束条件 |
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