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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t02 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Statin bound to class II HMG-CoA reductase | ||||||
要素 | 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Statin / HMG-CoA reductase / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / ergosterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas mevalonii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Tabernero, L. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of a statin bound to a class II hydroxymethylglutaryl-CoA reductase. 著者: Tabernero, L. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t02.cif.gz | 151.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t02.ent.gz | 118.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t02.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1t02_validation.pdf.gz | 478.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1t02_full_validation.pdf.gz | 494.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1t02_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1t02_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t02 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qaxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas mevalonii (バクテリア) 遺伝子: MVAA / プラスミド: pKK177-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P13702, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase #2: 化合物 | ChemComp-LVA / ( | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 26296 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1qax 解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.88 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
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拘束条件 |
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