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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sy2 | ||||||
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タイトル | 1.0 A Crystal Structure of D129A/L130A Mutant of Nitrophorin 4 | ||||||
要素 | Nitrophorin 4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / lipocalin / beta barrel (Βバレル) / ferric heme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Maes, E.M. / Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Shepley, D. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Role of binding site loops in controlling nitric oxide release: structure and kinetics of mutant forms of nitrophorin 4 著者: Maes, E.M. / Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Shepley, D. / Montfort, W.R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Ligand-Induced Heme Ruffling and Bent NO Geometry in Ultra-High-Resolution Structures of Nitrophorin 4 | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sy2.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sy2.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sy2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1sy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1sy2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20206.574 Da / 分子数: 1 / 変異: D129A, L130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 器官: salivary gland唾液腺 / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NH4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.23 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammonium Phosphate 2.8 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.99→21.4 Å / Num. all: 85962 / Num. obs: 85962 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.62 % / Biso Wilson estimate: 6.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 0.99→1.03 Å / 冗長度: 3.34 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 8609 / Rsym value: 0.157 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1D2U 解像度: 1→21.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.246 / SU ML: 0.014 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.691 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→21.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20 /
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