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万見
- PDB-1sez: Crystal Structure of Protoporphyrinogen IX Oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sez
タイトルCrystal Structure of Protoporphyrinogen IX Oxidase
要素Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-binding / Para-hydroxy-benzoate-hydroxylase fold (PHBH-fold) / monotopic membrane-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protoporphyrinogen oxidase / oxygen-dependent protoporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / chloroplast / oxidoreductase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 / Protoporphyrinogen oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 / Protoporphyrinogen oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-OMN / Chem-TON / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Koch, M. / Breithaupt, C. / Kiefersauer, R. / Freigang, J. / Huber, R. / Messerschmidt, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of protoporphyrinogen IX oxidase: a key enzyme in haem and chlorophyll biosynthesis.
著者: Koch, M. / Breithaupt, C. / Kiefersauer, R. / Freigang, J. / Huber, R. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2004年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
B: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7678
ポリマ－111,8042
非ポリマー2,9636
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area39110 Å2
手法PISA
2
A: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
B: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
B: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,53416
ポリマ－223,6084
非ポリマー5,92612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area16050 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area76310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.090, 147.250, 127.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second subunit of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z+1

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要素

#1: タンパク質 Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial / PPO II / Protoporphyrinogen IX oxidase isozyme II / PPX II / PX-2


分子量: 55902.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: PPXII, PPOX2 / プラスミド: pET32a-PPO2NT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O24164, protoporphyrinogen oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-OMN / 4-BROMO-3-(5'-CARBOXY-4'-CHLORO-2'-FLUOROPHENYL)-1-METHYL-5-TRIFLUOROMETHYL-PYRAZOL


分子量: 401.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H6BrClF4N2O2
#4: 化合物 ChemComp-TON / 2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENOXY]ETHOXY}ETHANOL / 2-[2-(4-tert-オクチルフェノキシ)エトキシ]エタノ-ル


分子量: 294.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG 1000, sodium citrate, sodium chloride, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月23日 / 詳細: Si-monochromator
放射モノクロメーター: Si-mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.73 Å / Num. all: 25016 / Num. obs: 24891 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2083 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→19.73 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / σ(I): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1187 -RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.267 25019 --
obs0.25 24421 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.798 Å28.01 Å21.788 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.418 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6960 0 192 143 7295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4824 57 -
Rwork0.3872 --
obs-1034 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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