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- PDB-1s5l: Architecture of the photosynthetic oxygen evolving center -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s5l
タイトルArchitecture of the photosynthetic oxygen evolving center
要素
  • (Cytochrome b559 ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 15
  • Cytochrome c-550
  • Photosystem Q(B) protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem / oxygen-evolving / tetra-manganese / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein ...photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Single helix bin / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / : / HEME C / OXYGEN EVOLVING SYSTEM / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / : / HEME C / OXYGEN EVOLVING SYSTEM / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ferreira, K.N. / Iverson, T.M. / Maghlaoui, K. / Barber, J. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
著者: Ferreira, K.N. / Iverson, T.M. / Maghlaoui, K. / Barber, J. / Iwata, S.
履歴
登録2004年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Non-polymer description
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Because the electron density for the two N chains was poor, the authors were unable to ...SEQUENCE Because the electron density for the two N chains was poor, the authors were unable to assign side chains.
Remark 600HETEROGEN Ligand PL9 is missing two isoprenoids due to disorder in the electron density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem Q(B) protein
B: photosystem II core light harvesting protein
C: photosystem II CP43 protein
D: photosystem II reaction center D2 protein
E: Cytochrome b559 alpha subunit
F: Cytochrome b559 beta subunit
H: photosystem II PsbH protein
I: Photosystem II reaction center I protein
J: Photosystem II reaction center J protein
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center L protein
M: Photosystem II reaction center M protein
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: photosystem II PsbT protein
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
X: photosystem II PsbX protein
N: Photosystem II PsbN protein
Z: Photosystem II reaction center Z protein
a: Photosystem Q(B) protein
b: photosystem II core light harvesting protein
c: photosystem II CP43 protein
d: photosystem II reaction center D2 protein
e: Cytochrome b559 alpha subunit
f: Cytochrome b559 beta subunit
h: photosystem II PsbH protein
i: Photosystem II reaction center I protein
j: Photosystem II reaction center J protein
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center L protein
m: Photosystem II reaction center M protein
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: photosystem II PsbT protein
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
x: photosystem II PsbX protein
n: Photosystem II PsbN protein
z: Photosystem II reaction center Z protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)692,750146
ポリマ－609,92238
非ポリマー82,828108
水00
1
A: Photosystem Q(B) protein
B: photosystem II core light harvesting protein
C: photosystem II CP43 protein
D: photosystem II reaction center D2 protein
E: Cytochrome b559 alpha subunit
F: Cytochrome b559 beta subunit
H: photosystem II PsbH protein
I: Photosystem II reaction center I protein
J: Photosystem II reaction center J protein
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center L protein
M: Photosystem II reaction center M protein
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: photosystem II PsbT protein
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
X: photosystem II PsbX protein
N: Photosystem II PsbN protein
Z: Photosystem II reaction center Z protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,37573
ポリマ－304,96119
非ポリマー41,41454
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
a: Photosystem Q(B) protein
b: photosystem II core light harvesting protein
c: photosystem II CP43 protein
d: photosystem II reaction center D2 protein
e: Cytochrome b559 alpha subunit
f: Cytochrome b559 beta subunit
h: photosystem II PsbH protein
i: Photosystem II reaction center I protein
j: Photosystem II reaction center J protein
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center L protein
m: Photosystem II reaction center M protein
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: photosystem II PsbT protein
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
x: photosystem II PsbX protein
n: Photosystem II PsbN protein
z: Photosystem II reaction center Z protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,37573
ポリマ－304,96119
非ポリマー41,41454
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.992, 228.849, 309.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the biological unit is a dimer, which is present in the asymmetric unit

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AaVv

#1: タンパク質 Photosystem Q(B) protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II protein D1


分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A444
#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / C550 / Low potential cytochrome c


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A386

-
Photosystem II ... , 15種, 30分子 BbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxNnZz

#2: タンパク質 photosystem II core light harvesting protein


分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 photosystem II CP43 protein


分子量: 51666.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 photosystem II reaction center D2 protein


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8CM25
#7: タンパク質 photosystem II PsbH protein


分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center I protein / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center J protein


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center L protein / PSII 5 kDa protein


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center M protein / PSII-M


分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / MSP


分子量: 26851.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド photosystem II PsbT protein


分子量: 3878.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1L5
#17: タンパク質・ペプチド photosystem II PsbX protein


分子量: 5235.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1R6
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II PsbN protein


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center Z protein / photosystem II PsbZ protein


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DHJ2

-
Cytochrome b559 ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 alpha subunit / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 beta subunit / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIN9

-
糖 , 1種, 2分子

#26: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 106分子

#20: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#21: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#22: 化合物 ChemComp-OEC / OXYGEN EVOLVING SYSTEM


分子量: 323.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O4
#23: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#24: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#25: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#27: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: pseudo-batch hanging drop / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, 100mM (NH4)2SO4, PEG 4000, C12E8, trimethyl lead acetate, pH 7.5, pseudo-batch hanging drop, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.75 mg/mlchlorophyll1drop
220 mMMES1droppH6.5
310 mM1dropCaCl2
410 mM1dropMgCl2
5100 mMHEPES1reservoirpH7.5
6100 mMammonium sulfate1reservoir
720 %glycerol1reservoir
88.0-14.0 %PEG40001reservoir
90.11 mM1reservoirC12E8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 117866 / Num. obs: 103604 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.5→3.52 Å / % possible all: 80.9
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 2.88 % / Num. measured all: 298731 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.342 981 random
Rwork0.296 --
obs0.296 101219 -
all-101219 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39991 0 5954 0 45945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.96
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 103485 / % reflection Rfree: 1 % / Rfactor Rfree: 0.346 / Rfactor Rwork: 0.303
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.11
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.04
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 3.56 Å / Rfactor Rfree: 0.384 / Rfactor Rwork: 0.34

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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