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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1red | |||||||||
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タイトル | ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II COMPLEX WITH 4,5-EPOXYPENTYL-BETA-D-XYLOSIDE | |||||||||
![]() | ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Rouvinen, J. / Havukainen, R. / Torronen, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Covalent binding of three epoxyalkyl xylosides to the active site of endo-1,4-xylanase II from Trichoderma reesei. 著者: Havukainen, R. / Torronen, A. / Laitinen, T. / Rouvinen, J. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Endo-1,4-Beta-Xylanase II from Trichoderma Reesei: Two Conformational States in the Active Site 著者: Torronen, A. / Harkki, A. / Rouvinen, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9876, -0.0181, 0.1558), ベクター ![]() |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 20838.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-C5X / | #3: 化合物 | ChemComp-BEZ / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | *PLUS pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Torronen, A., (1993) J. Mol. Biol., 233, 313. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月10日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | Num. obs: 38005 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0728 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 76 % / Num. measured all: 88868 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.7 Å / % possible obs: 25.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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