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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qw9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase in complex with 4-nitrophenyl-Ara | |||||||||
要素 | Alpha-L-arabinofuranosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Bassov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure and snapshots along the reaction pathway of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase 著者: Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Baasov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qw9.cif.gz | 460.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qw9.ent.gz | 376.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qw9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qw9_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1qw9_validation.xml.gz | 56.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qw9_validation.cif.gz | 87.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/1qw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/1qw9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57226.863 Da / 分子数: 2 / 変異: E175A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: ABFA / プラスミド: pET9d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9XBQ3, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18 % PEG 3350, 0.2 M NH4F, 5 % 2-propanol, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 370234 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 370260 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→50 Å
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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