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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qov | ||||||
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タイトル | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH ALA M260 REPLACED WITH TRP (CHAIN M, A260W) | ||||||
要素 | (PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / TRANSMEMBRANE / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS / CARDIOLIPIN / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | McAuley, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Structural Details of an Interaction between Cardiolipin and an Integral Membrane Protein 著者: Mcauley, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structural Studies of Wild-Type and Mutant Reaction Centers from an Antenna-Deficient Strain of Rhodobacter Sphaeroides: Monitoring the Optical Properties of the Complex from Bacterial Cell to Crystal 著者: Mcauley-Hecht, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Prince, S.M. / Hunter, C.N. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Construction and Characterization of a Mutant of Rhodobacter Sphaeroides with the Reaction Center as the Sole Pigment-Protein Complex 著者: Jones, M.R. / Visschers, R.W. / Van Grondelle, R. / Hunter, C.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qov.cif.gz | 204 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qov.ent.gz | 156.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qov.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/1qov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/1qov | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 株: NCIB 8253 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子: PUFQLMX / プラスミド: PRKEH10D / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): AM260W / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 株: NCIB 8253 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子: PUFQLMX / プラスミド: PRKEH10D / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): AM260W / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 34513.676 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 株: NCIB 8253 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子: PUFQLMX / プラスミド: PRKEH10D / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): AM260W / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS |
-非ポリマー , 8種, 261分子
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | ChemComp-U10 / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #8: 化合物 | ChemComp-SPN / | #9: 化合物 | ChemComp-CDL / | #10: 化合物 | ChemComp-CL / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN M HAS A M260W MUTATION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 124853 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / % possible all: 78.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WILD-TYPE RHODOBACTER SPHAEROIDES COORDINATES (UNPUBLISHED DATA) 解像度: 2.1→30 Å / SU B: 2.5 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.099 詳細: X-PLOR (VERSION 3.1) BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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