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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qkm | ||||||
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タイトル | HUMAN OESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH PARTIAL AGONIST GENISTEIN | ||||||
要素 | ESTROGEN RECEPTOR BETA | ||||||
キーワード | NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / PHYTO-OESTROGEN / PARTIAL AGONIST | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Carlquist, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 1999 タイトル: Structure of the Ligand-Binding Domain of Oestrogen Receptor Beta in the Presence of a Partial Agonist and a Full Antagonist 著者: Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Thorsell, A.-G. / Engstrom, O. / Ljunggren, J. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Molecular Basis of Agonism and Antagonism in the Oestrogen Receptor 著者: Brzozowski, A.M. / Pike, A.C.W. / Dauter, Z. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Engstrom, O. / Ohman, L. / Greene, G.L. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qkm.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qkm.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qkm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qkm_validation.pdf.gz | 686.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qkm_full_validation.pdf.gz | 689.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qkm_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qkm_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: DIMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28726.092 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH THE PHYTO-OESTROGEN GENISTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: OESTROGEN RECEPTOR BETA / プラスミド: PLEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GI724 / 参照: UniProt: Q92731 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GEN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.1 詳細: 6-9% (W/V) PEG 6000, 1.6-2.1M NACL, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→60 Å / Num. obs: 28523 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 358818 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.433 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ERE 解像度: 1.8→55 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12715 / ESU R Free: 0.12556 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED IN XPLOR V3.843 WAS USED THROUGHOUT. DISCREPANCY BETWEEN REFINEMENT STATISTICS GIVEN ABOVE AND PUBLISHED VALUES ARISE DUE TO A SEQUENCE ERROR THAT HAS ...詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED IN XPLOR V3.843 WAS USED THROUGHOUT. DISCREPANCY BETWEEN REFINEMENT STATISTICS GIVEN ABOVE AND PUBLISHED VALUES ARISE DUE TO A SEQUENCE ERROR THAT HAS SUBSEQUENTLY BEEN CORRECTED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→55 Å
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拘束条件 |
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