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- PDB-1qf2: THERMOLYSIN (E.C.3.4.24.27) COMPLEXED WITH (2-SULPHANYL-3-PHENYLP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qf2
タイトルTHERMOLYSIN (E.C.3.4.24.27) COMPLEXED WITH (2-SULPHANYL-3-PHENYLPROPANOYL)-GLY-(5-PHENYLPROLINE). PARAMETERS FOR ZN-MONODENTATION OF MERCAPTOACYLDIPEPTIDES IN METALLOENDOPEPTIDASE
要素PROTEIN (THERMOLYSIN)
キーワードHYDROLASE / NEUTRAL ENDOPEPTIDASE / ZN METALLOPEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TI3 / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Gaucher, J.-F. / Selkti, M. / Tiraboschi, G. / Prange, T. / Roques, B.P. / Tomas, A. / Fournie-Zaluski, M.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of alpha-mercaptoacyldipeptides in the thermolysin active site: structural parameters for a Zn monodentation or bidentation in metalloendopeptidases.
著者: Gaucher, J.F. / Selkti, M. / Tiraboschi, G. / Prange, T. / Roques, B.P. / Tomas, A. / Fournie-Zaluski, M.C.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996
タイトル: Design of orally active dual inhibitors of neutral endopeptidase and angiotensin-converting enzyme with long duration of action.
著者: Fournie-Zaluski, M.C. / Coric, P. / Thery, V. / Gonzalez, W. / Meudal, H. / Turcaud, S. / Michel, J.B. / Roques, B.P.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996
タイトル: Optimal recognition of neutral endopeptidase and angiotensin-converting enzyme active sites by mercaptoacyldipeptides as a means to design potent dual inhibitors.
著者: Coric, P. / Turcaud, S. / Meudal, H. / Roques, B.P. / Fournie-Zaluski, M.C.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Structural analysis of zinc substitutions in the active site of thermolysin.
著者: Holland, D.R. / Hausrath, A.C. / Juers, D. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Three-dimensional structure of thermolysin.
著者: Matthews, B.W. / Jansonius, J.N. / Colman, P.M. / Schoenborn, B.P. / Dupourque, D.
履歴
登録1999年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (THERMOLYSIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,23510
ポリマ－34,3621
非ポリマー8739
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.500, 93.500, 131.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (THERMOLYSIN)


分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 5種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-TI3 / [(2S)-2-SULFANYL-3-PHENYLPROPANOYL]-GLY-(5-PHENYLPROLINE) / RB106 / N-[(S)-2-メルカプト-3-フェニルプロピオニル]-Gly-[(5R)-5-フェニル-L-Pro-]-OH


分子量: 412.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O4S
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細CATALYTIC ZN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: drop consists of protein solution and Solution A
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
23.2 mMTLN1drop
317 mM[(2S)-2-Sulfanyl-3-phenylpropanpyl]Gly-(5-Ph)Pro(RB106) 21drop
450 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane/acetate1reservoirSolution A
50.5 M1reservoirSolution ACa(CH3-COO)2
64 mMdithiothreitol1reservoirSolution A
71 mM1reservoirSolution ANaN3
845 %(v/v)DMSO1reservoirSolution A

-
データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→34.5 Å / Num. obs: 21551 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rsym value: 4.7 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.06→2.3 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Rsym value: 7.3 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
Num. obs: 21572 / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNF

1lnf


解像度: 2.06→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE WHOLE SET OF DATA WAS USED FOR THE LAST STEPS OF REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2148 10.2 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs-21033 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.1 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 46 237 2715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.379
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.63
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.145
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 244 10 %
Rwork0.175 2484 -
obs--94.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection obs: 21544
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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