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- PDB-1ps9: The Crystal Structure and Reaction Mechanism of E. coli 2,4-Dieno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ps9
タイトルThe Crystal Structure and Reaction Mechanism of E. coli 2,4-Dienoyl CoA Reductase
要素2,4-dienoyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IRON-SULFUR / TIM BARREL / FLAVODOXIN / FLAVIN / ELECTRON TRANSFER / HYDRIDE TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4-dienoyl-CoA reductase [(2E)-enoyl-CoA-producing] / fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number, reductase/isomerase pathway / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / FAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 5-MERCAPTOETHANOL-2-DECENOYL-COENZYME A / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / 2,4-dienoyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Liang, X. / Schulz, H. / Kim, J.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure and reaction mechanism of Escherichia coli 2,4-dienoyl-CoA reductase
著者: Hubbard, P.A. / Liang, X. / Schulz, H. / Kim, J.J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: Cloning and expression of the fadH gene and characterization of the gene product 2,4-dienoyl coenzyme A reductase from Escherichia coli
著者: He, X.-Y. / Yang, S.-Y. / Schulz, H.
履歴
登録2003年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,4-dienoyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0669
ポリマ－72,6281
非ポリマー3,4388
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.601, 109.227, 110.304
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2,4-dienoyl-CoA reductase / 2 / 4-dienoyl coenzyme A reductase


分子量: 72627.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FADH / プラスミド: pND-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P42593, 2,4-dienoyl-CoA reductase [(2E)-enoyl-CoA-producing]

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非ポリマー , 7種, 381分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#7: 化合物 ChemComp-MDE / 5-MERCAPTOETHANOL-2-DECENOYL-COENZYME A


分子量: 994.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H55N7O18P3S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 292.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 5000, sodium acetate, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19.5K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %PEG5000 MME1reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
30.1 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MMOPS1reservoirpH6.5
518 %PEG5000 MME1drop
6180 mMsodium acetate1drop
790 mMammonium sulfate1drop
890 mMMOPS1droppH6.5
915 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンAPS 14-BM-C20.9
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2002年8月21日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2002年8月22日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Osmic blue confocal mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2bent conical Si-mirror (Rh coating), bent cylindrical Ge(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.91
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 74790 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 2553 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 61.2
反射
*PLUS
Num. obs: 42467 / Num. measured all: 898148
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 3556 -RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.205 72563 --
obs0.205 72563 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.342 Å0.278 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.296 Å0.278 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5097 0 206 373 5676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.416
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.666
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.923
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 235 -
Rwork0.304 --
obs-5495 70.8 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.666
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg5.923

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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