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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1prn | ||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURE OF PORIN FROM RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA AND COMPARISON WITH THE PORIN FROM RHODOBACTER CAPSULATUS | ||||||
要素 | PORINポリン (タンパク質) | ||||||
キーワード | INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PORIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter blasticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Kreusch, A. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Refined structure of the porin from Rhodopseudomonas blastica. Comparison with the porin from Rhodobacter capsulatus. 著者: Kreusch, A. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: The Structure of the Membrane Channel Porin from Rhodopseudomonas Blastica at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Kreusch, A. / Neubueser, A. / Schiltz, E. / Weckesser, J. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A SEVENTEEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1prn.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1prn.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1prn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1prn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1prn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES ILE 139 - SER 140 HAVE WEAK DENSITY. 2: THE STRUCTURE OF THE DETERGENT MOLECULES COULD NOT BE IDENTIFIED FROM THE ELECTRON DENSITY AND HAS THEREFORE BEEN PRELIMINARILY MODELED AS N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE USED IN CRYSTALLIZATION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30608.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter blasticus (バクテリア) 参照: UniProt: P39767 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE STRUCTURE OF THE DETERGENT MOLECULES COULD NOT BE IDENTIFIED FROM THE ELECTRON DENSITY AND HAS ...THE STRUCTURE OF THE DETERGENT MOLECULES COULD NOT BE IDENTIFIED | 配列の詳細 | THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN THE JRNL ARTICLE AND IN REFERENCE 1 ABOVE. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.96 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 35847 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 291952 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.96 Å / 最低解像度: 2 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.96→10 Å / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUES ILE 139 - SER 140 HAVE WEAK DENSITY. /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 35620 / Rfactor obs: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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