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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pmo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli GadB (neutral pH) | ||||||
要素 | Glutamate decarboxylase beta | ||||||
キーワード | LYASE / NEUTRAL-PH FORM OF GadB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Grutter, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure and functional analysis of escherichia coli glutamate decarboxylase 著者: Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pmo.cif.gz | 555.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pmo.ent.gz | 459.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pmo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pmo_validation.pdf.gz | 519.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pmo_full_validation.pdf.gz | 588.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pmo_validation.xml.gz | 116 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pmo_validation.cif.gz | 157.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/1pmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/1pmo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HEXAMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 断片: GadB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GADB / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P69910, glutamate decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-PLR / ( #3: 化合物 | ChemComp-TRS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: ammonium sulphate, Tris, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月18日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 136345 / Num. obs: 136310 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9117 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 136345 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NULL 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.2 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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