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- PDB-1pmo: Crystal structure of Escherichia coli GadB (neutral pH) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pmo
タイトルCrystal structure of Escherichia coli GadB (neutral pH)
要素Glutamate decarboxylase beta
キーワードLYASE / NEUTRAL-PH FORM OF GadB
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #50 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #50 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLR / Glutamate decarboxylase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and functional analysis of escherichia coli glutamate decarboxylase
著者: Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Grutter, M.G.
履歴
登録2003年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate decarboxylase beta
B: Glutamate decarboxylase beta
C: Glutamate decarboxylase beta
D: Glutamate decarboxylase beta
E: Glutamate decarboxylase beta
F: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,96530
ポリマ－316,3686
非ポリマー3,59824
水21,0601169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56230 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area84340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.995, 115.995, 207.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HEXAMER

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要素

#1: タンパク質
Glutamate decarboxylase beta / GAD-beta


分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 断片: GadB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GADB / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P69910, glutamate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル


分子量: 233.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO5P
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: ammonium sulphate, Tris, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
21.9-2.0 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMTris1reservoirpH7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月18日 / 詳細: MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 136345 / Num. obs: 136310 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9117 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 136345
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NULL

解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2749 -RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-136306 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.593 Å2-3.585 Å20 Å2
2---0.593 Å20 Å2
3---1.186 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21799 0 234 1169 23202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.301 269
Rwork0.263 -
obs-13072
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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