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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1owy | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme Cavity Mutant L99A/M102Q Bound With 2-Propyl-Aniline | ||||||
要素 | Lysozyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, B.Q. / Baase, W.A. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site 著者: Wei, B.Q. / Weaver, L.H. / Ferrari, A.M. / Matthews, B.W. / Shoichet, B.K. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking 著者: Wei, B.Q. / Baase, W.A. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1owy.cif.gz | 47.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1owy.ent.gz | 32.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1owy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/1owy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/1owy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18617.320 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A, M102Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PRY / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→13 Å / Num. all: 15141 / Num. obs: 15141 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2303 / % possible all: 70 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 開始モデル: PDB entry 1LGU 解像度: 1.9→13 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→13 Å
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拘束条件 |
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