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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ovk | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme Cavity Mutant L99A/M102Q Bound with N-Allyl-Aniline | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wei, B.Q. / Baase, W.A. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site 著者: Wei, B.Q. / Weaver, L.H. / Ferrari, A.M. / Matthews, B.W. / Shoichet, B.K. #1: ![]() タイトル: A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking 著者: Wei, B.Q. / Baase, W.A. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18617.320 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A, M102Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NYL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→13 Å / Num. all: 11599 / Num. obs: 11599 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1893 / % possible all: 76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1LGU 解像度: 2.1→13 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→13 Å
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拘束条件 |
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