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- PDB-1osm: OSMOPORIN (OMPK36) FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1osm
タイトルOSMOPORIN (OMPK36) FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE
要素OMPK36
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN / NON-SPECIFIC PORIN / OSMOPORIN / BETA-BARREL / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / Outer membrane porin C
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dutzler, R. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure and functional characterization of OmpK36, the osmoporin of Klebsiella pneumoniae.
著者: Dutzler, R. / Rummel, G. / Alberti, S. / Hernandez-Alles, S. / Phale, P. / Rosenbusch, J. / Benedi, V. / Schirmer, T.
履歴
登録1999年1月8日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月30日Group: Other
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMPK36
B: OMPK36
C: OMPK36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,42412
ポリマ－112,8913
非ポリマー1,5339
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.800, 76.800, 223.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.3107, -0.81168, -0.49462), (0.80794, -0.49964, 0.31239), (-0.50069, -0.30256, 0.81103)0.21986, -0.24846, 0.0397
3given(-0.31118, 0.80736, -0.50134), (-0.81382, -0.49881, -0.29814), (-0.49077, 0.31522, 0.81227)0.43057, -0.0653, 0.11301

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要素

#1: タンパク質 OMPK36 / OSMOPORIN


分子量: 37630.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48473
#2: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE HOMOLOGOUS MATRIX PORIN FROM E.COLI (OMPF, PDB CODE 2OMF). ...THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE HOMOLOGOUS MATRIX PORIN FROM E.COLI (OMPF, PDB CODE 2OMF). CONSEQUENTLY, THERE ARE GAPS IN THE NUMBERING (27-31,75-76,243-247) AND INSERTIONS (163A-J,181A AND 322A-C).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da
結晶化pH: 9.8 / 詳細: pH 9.8
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.6 %C8HESO11
20.1 %octyl-POE11
30.5 M11MgCl2
40.05 MTris-HCl11
515 %PEG200011

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.94
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→15 Å / Num. obs: 47412 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OMF

2omf


解像度: 3.2→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: STRICT NCS COORDINATE AND B-FACTOR CONSTRAINTS USED FOR THE 6 PROTEIN CHAINS IN THE ASYMMETRIC UNITS. THE TWO GROUPS OF DETERGENTS (MODELED AS 2X9 DODECANE MOLECULES) WERE REFINED WITH 2-FOLD ...詳細: STRICT NCS COORDINATE AND B-FACTOR CONSTRAINTS USED FOR THE 6 PROTEIN CHAINS IN THE ASYMMETRIC UNITS. THE TWO GROUPS OF DETERGENTS (MODELED AS 2X9 DODECANE MOLECULES) WERE REFINED WITH 2-FOLD STRICT NCS CONSTRAINTS. ONE GROUP B-FACTOR PER DETERGENT MOLECULE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 -10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 47412 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.3 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7992 0 108 0 8100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT NCS CONSTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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