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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1osm | ||||||
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タイトル | OSMOPORIN (OMPK36) FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE | ||||||
要素 | OMPK36 | ||||||
キーワード | OUTER MEMBRANE PROTEIN / NON-SPECIFIC PORIN / OSMOPORIN / BETA-BARREL / TRANSMEMBRANE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Dutzler, R. / Schirmer, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure and functional characterization of OmpK36, the osmoporin of Klebsiella pneumoniae. 著者: Dutzler, R. / Rummel, G. / Alberti, S. / Hernandez-Alles, S. / Phale, P. / Rosenbusch, J. / Benedi, V. / Schirmer, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1osm.cif.gz | 204.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1osm.ent.gz | 165.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1osm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1osm_validation.pdf.gz | 430.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1osm_full_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1osm_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1osm_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2omfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37630.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48473 #2: 化合物 | ChemComp-D12 / 配列の詳細 | THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE HOMOLOGOUS MATRIX PORIN FROM E.COLI (OMPF, PDB CODE 2OMF). ...THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE HOMOLOGOUS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.8 / 詳細: pH 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.94 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→15 Å / Num. obs: 47412 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OMF 解像度: 3.2→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: STRICT NCS COORDINATE AND B-FACTOR CONSTRAINTS USED FOR THE 6 PROTEIN CHAINS IN THE ASYMMETRIC UNITS. THE TWO GROUPS OF DETERGENTS (MODELED AS 2X9 DODECANE MOLECULES) WERE REFINED WITH 2-FOLD ...詳細: STRICT NCS COORDINATE AND B-FACTOR CONSTRAINTS USED FOR THE 6 PROTEIN CHAINS IN THE ASYMMETRIC UNITS. THE TWO GROUPS OF DETERGENTS (MODELED AS 2X9 DODECANE MOLECULES) WERE REFINED WITH 2-FOLD STRICT NCS CONSTRAINTS. ONE GROUP B-FACTOR PER DETERGENT MOLECULE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: STRICT NCS CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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