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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1og5 | ||||||
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タイトル | Structure of human cytochrome P450 CYP2C9 | ||||||
要素 | CYTOCHROME P450 2C9 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / DRUG METABOLISM / OXIDOREDUCTASE / HEME / MONOOXYGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / monocarboxylic acid metabolic process ...arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / urea metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / caffeine oxidase activity / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / oxidative demethylation / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / steroid hydroxylase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Williams, P.A. / Cosme, J. / Ward, A. / Angove, H.C. / Matak Vinkovic, D. / Jhoti, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Human Cytochrome P450 2C9 with Bound Warfarin 著者: Williams, P.A. / Cosme, J. / Ward, A. / Angove, H.C. / Matak Vinkovic, D. / Jhoti, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1og5.cif.gz | 206.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1og5.ent.gz | 166 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1og5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1og5_validation.pdf.gz | 667.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1og5_full_validation.pdf.gz | 695.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1og5_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1og5_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/1og5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/1og5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8214, -0.5704, 0.0004), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54168.590 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 30-490 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE 参照: UniProt: P11712, EC: 1.14.13.80, EC: 1.14.13.48, EC: 1.14.13.49 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CYTOCHROMES P450 ARE HEME-THIOLATE MONOOXYGENASES THAT IN THE LIVER MICROSOMES FORM PART OF THE ...CYTOCHROME | 配列の詳細 | RESIDUES 1-30 OF THE FULL LENGTH PROTEIN WERE DELETED (THE PROPOSED TRANSMEMBRANE DOMAIN) AND A ...RESIDUES 1-30 OF THE FULL LENGTH PROTEIN WERE DELETED (THE PROPOSED TRANSMEMBR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.4 / 詳細: pH 8.40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 56722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.55 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Num. measured all: 1507766 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.55→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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