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- PDB-1nmk: The Sanglifehrin-Cyclophilin Interaction: Degradation Work, Synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nmk
タイトルThe Sanglifehrin-Cyclophilin Interaction: Degradation Work, Synthetic Macrocyclic Analogues, X-ray Crystal Structure and Binding Data
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードISOMERASE / Beta Sandwich / Cyclophilin-Ligand Complex / Cyclosporin / Rotamase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / protein peptidyl-prolyl isomerization / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / negative regulation of protein phosphorylation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / Calcineurin activates NFAT / activation of protein kinase B activity / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Assembly Of The HIV Virion / positive regulation of protein secretion / Budding and maturation of HIV virion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / neuron differentiation / unfolded protein binding / Platelet degranulation / protein folding / cellular response to oxidative stress / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SFM / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kallen, J. / Sedrani, R. / Wagner, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Sanglifehrin-Cyclophilin Interaction: Degradation Work, Synthetic Macrocyclic Analogues, X-ray Crystal Structure and Binding Data
著者: Sedrani, R. / Kallen, J. / Cabrejas, L.M.M. / Papageorgiou, C.D. / Senia, F. / Rohrbach, S. / Wagner, D. / Thai, B. / Eme, A.-M.J. / France, J. / Oberer, L. / Rihs, G. / Zenke, G. / Wagner, J.
履歴
登録2003年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5554
ポリマ－36,0732
非ポリマー1,4822
水3,747208
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7772
ポリマ－18,0371
非ポリマー7411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7772
ポリマ－18,0371
非ポリマー7411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.200, 67.300, 78.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the biological assembly is a monomer of cyclophilinA/ligand

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase / Rotamase / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA OR CYPA / プラスミド: modified pKK 223-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SFM / (13E,15E)-(3S,6S,9R,10R,11S,12S,18S,21S)-10,12-DIHYDROXY-3-(3-HYDROXYBEN-ZYL)-18-((E)-3-HYDROXY-1-METHYLPROPENYL)-6-ISOPROPYL-11-METHYL-9-(3-OXO-BUTYL)-19-OXA-1,4,7,25-TETRAAZA-BICYCLO[19.3.1]PENTACOSA-13,15-DIENE-2,5,8,20-TETRAONE / ANALOGUE OF MACROLIDE FROM DEGRADED SANGLIFEHRIN A


分子量: 740.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H56N4O10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND NAMED SFM IN THE STRUCTURE IS AN ANALOGUE OF THE DEGRADED PRODUCT OF SANGLIFEHRIN A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, tris-HCl, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月26日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 18318 / Num. obs: 18318 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1808 / Rsym value: 0.403 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWA

1cwa


解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.566 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18891 940 5.1 %RANDOM
Rwork0.1632 ---
all0.1645 18282 --
obs0.16453 17342 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2532 0 106 208 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.9833618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74335366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.073328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73215465
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.3470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.32175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.5222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0290.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.57
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8491.51616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65122576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40731082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.024.51042
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 67 -
Rwork0.186 1209 -
obs-1209 99.9 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rwork: 0.164
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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