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- PDB-1nf6: X-ray structure of the Desulfovibrio desulfuricans bacterioferrit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nf6
タイトルX-ray structure of the Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: the diiron site in different catalytic states ("cycled" structure: reduced in solution and allowed to reoxidise before crystallisation)
要素bacterioferritin
キーワードIRON STORAGE/ELECTRON TRANSPORT / bacterioferritin / 24 subunits in the active molecule / diiron centre / haem Fe-Coproporphyrin III cofactor / IRON STORAGE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-FEC / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / structure solved using the native as-isolated structure as starting model / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Macedo, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E. / Matias, P.M. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / LeGall, J. / Teixeira, M. / Lindley, P. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: The nature of the di-iron site in the bacterioferritin from Desulfovibrio desulfuricans
著者: Macedo, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E. / Matias, P.M. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / LeGall, J. / Teixeira, M. / Lindley, P. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure determination of bacterioferritin from Desulfovibrio desulfuricans by the MAD method at the Fe K-edge
著者: Coelho, A.V. / Macedo, S. / Matias, P.M. / Thompson, A.W. / LeGall, J. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2002年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Remark 350GENERATING THE BIOMOLECULE THE ACTIVE BIOLOGICAL UNIT IS A 24-MER. SINCE THE ASYMMETRIC UNIT ...GENERATING THE BIOMOLECULE THE ACTIVE BIOLOGICAL UNIT IS A 24-MER. SINCE THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS PARTS OF TWO DIFFERENT SPHERES, APPLY THE SYMMETRY OPERATIONS (-z, 1/2+x, 1/2-y) AND (y-1/2, 1/2-z, -x) TO MONOMERS A, B, G, H, I, J, M AND N OR THE SYMMETRY OPERATIONS (z+1/2, 1/2-x, -y) AND (1/2-y, -z, x-1/2) TO THE REMAINING MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT TO GENERATE THE 24-MER.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,42175
ポリマ－318,50016
非ポリマー9,92059
水32,6251811
1
A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子

A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子

A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)493,069117
ポリマ－477,75124
非ポリマー15,31893
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
手法PQS
2
C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子

C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子

C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,193108
ポリマ－477,75124
非ポリマー14,44284
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
手法PQS
3
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,20911
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,3979
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
4
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0179
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,2047
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
5
C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9218
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,1086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
6
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,11310
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,3018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
7
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,20911
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,3979
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
8
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0179
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,2047
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
9
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9178
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,1046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
10
A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0179
ポリマ－39,8132
非ポリマー1,2047
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.790, 225.790, 225.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

SO4

21A-1004-

SO4

31C-1304-

SO4

41C-1304-

SO4

51J-2004-

SO4

61J-2004-

SO4

71L-2204-

SO4

81L-2204-

SO4

91A-1104-

HOH

101A-1118-

HOH

111L-9608-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
bacterioferritin


分子量: 19906.281 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
株: ATCC 27774 / 参照: UniProt: Q93PP9

-
非ポリマー , 5種, 1870分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III


分子量: 708.538 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H36FeN4O8
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 3.6
詳細: Coelho, A.V., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 326.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Macetate1reservoirpH3.6
313 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月18日 / 詳細: toroidal mirrors
放射モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 152336 / Num. obs: 152336 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 15292 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 477229
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: structure solved using the native as-isolated structure as starting model
開始モデル: as-isolated model for this protein; phases obtained by MAD at the iron K edge.

解像度: 2.35→30 Å / Num. restraintsaints: 358918 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3043 -thin resolution shells
Rwork0.197 ---
obs0.197 149010 96.5 %-
all-149010 --
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 23645.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21134 0 584 1811 23529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.016
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.44 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.24 -
Rfree-324
obs-16219
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.43 Å / Rfactor Rfree: 0.02

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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