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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nah | |||||||||
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タイトル | UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE FROM ESCHERICHIA COLI, REDUCED | |||||||||
要素 | UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE | |||||||||
キーワード | ISOMERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 colanic acid biosynthetic process / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / galactose metabolic process / NAD+ binding / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Frey, P.A. / Holden, H.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of the oxidized and reduced forms of UDP-galactose 4-epimerase isolated from Escherichia coli. 著者: Thoden, J.B. / Frey, P.A. / Holden, H.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nah.cif.gz | 95 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nah.ent.gz | 69.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1nah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1nah | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37294.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REDUCED FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PT7E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), PLYSS / 参照: UniProt: P09147, UDP-glucose 4-epimerase |
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-非ポリマー , 6種, 498分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / | #4: 化合物 | ChemComp-UDP / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 39891 / % possible obs: 97 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 72653 / Rmerge(I) obs: 0.021 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 94 % / Num. unique obs: 7216 / Num. measured obs: 10601 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→30 Å / 詳細: TNT /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.165 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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