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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mzs | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III WITH BOUND dichlorobenzyloxy-indole-carboxylic acid inhibitor | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / FABH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Daines, R.A. / Pendrak, I. / Sham, K. / Van Aller, G.S. / Konstantinidis, A.K. / Lonsdale, J.T. / Janson, C.A. / Qui, X. / Brandt, M. / Silverman, C. / Head, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003 タイトル: First X-ray cocrystal structure of a bacterial FabH condensing enzyme and a small molecule inhibitor achieved using rational design and homology modeling 著者: Daines, R.A. / Pendrak, I. / Sham, K. / Van Aller, G.S. / Konstantinidis, A.K. / Lonsdale, J.T. / Janson, C.A. / Qiu, X. / Brandt, M. / Khandekar, S.S. / Silverman, C. / Head, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mzs.cif.gz | 71.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mzs.ent.gz | 56.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mzs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mzs_validation.pdf.gz | 450.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mzs_full_validation.pdf.gz | 455.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mzs_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mzs_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/1mzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/1mzs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1d9b S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33595.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-669 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.27 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown / 詳細: Qiu, X., (1999) J.Biol.Chem., 274, 36465. |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 14 % / 一般名: PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 14354 / Num. obs: 14354 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 1572 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 0.92 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1d9b 1d9b 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |