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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mrh | ||||||
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タイトル | STUDIES ON CRYSTAL STRUCTURES ACTIVE CENTER GEOMETRY AND DEPURINE MECHANISM OF TWO RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS | ||||||
![]() | ALPHA-MOMORCHARIN | ||||||
![]() | RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Huang, Q. / Liu, S. / Tang, Y. / Jin, S. / Wang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Studies on crystal structures, active-centre geometry and depurinating mechanism of two ribosome-inactivating proteins. 著者: Huang, Q. / Liu, S. / Tang, Y. / Jin, S. / Wang, Y. #1: ![]() タイトル: Active Center Geometry and Depurine Mechanism of Two Ribosome-Inactivating Proteins 著者: Tang, Y. / Huang, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 718.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ASN 218 - LYS 219 OMEGA = 148.13 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29117.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMC / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 13935 / % possible obs: 72.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→7 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.41 |