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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m5k | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION/RNA / HAIRPIN RIBOZYME / CATALYTIC RNA / U1A RNA BINDING PROTEIN DOCKED CONFORMATION / SUBSTRATE INHIBITOR STRAND / TRANSLATION-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Rupert, P.B. / Ferre-D'Amare, A.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: Transition state stabilization by a catalytic RNA 著者: Rupert, P.B. / Massey, A.P. / Sigurdsson, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of a hairpin ribozyme-inhibitor complex with implications for catalysis 著者: Rupert, P.B. / Ferre-D'Amare, A.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m5k.cif.gz | 181.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m5k.ent.gz | 135.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m5k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m5k_validation.pdf.gz | 495.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m5k_full_validation.pdf.gz | 513.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m5k_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m5k_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/1m5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/1m5k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE
#1: RNA鎖 | 分子量: 6739.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS #2: RNA鎖 | 分子量: 29969.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 CF
#3: タンパク質 | 分子量: 11498.472 Da / 分子数: 2 / Fragment: U1A RNA BINDING DOMAIN / Mutation: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012 |
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-非ポリマー , 3種, 138分子
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: MPD, ammonium chloride, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Rupert, P.B., (2001) Nature, 410, 780. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→61.07 Å / Num. all: 41156 / Num. obs: 41156 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3147 / % possible all: 73.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 41290 / % possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.9 % / Rmerge(I) obs: 0.261 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→61.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1376780.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: Engh & Huber, Parkinson et al.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.68 Å2 / ksol: 0.275 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→61.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.41 / Rfactor Rwork: 0.376 |