[日本語] English
万見
- PDB-1m2z: Crystal structure of a dimer complex of the human glucocorticoid ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m2z
タイトルCrystal structure of a dimer complex of the human glucocorticoid receptor ligand-binding domain bound to dexamethasone and a TIF2 coactivator motif
要素
  • glucocorticoid receptor
  • nuclear receptor coactivator 2
キーワードHORMONE/HORMONE ACTIVATOR / glucocorticoid receptor / dexamethasone / TIF2 / dimer interface / Hormone binding pocket / charge clamp / coactivator / HORMONE-HORMONE ACTIVATOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / maternal behavior / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / cellular response to steroid hormone stimulus / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / transcription regulator inhibitor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of smoothened signaling pathway / chromosome segregation / SUMOylation of intracellular receptors / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / chromatin organization / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEXAMETHASONE / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Amore / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bledsoe, R.B. / Montana, V.G. / Stanley, T.B. / Delves, C.J. / Apolito, C.J. / Mckee, D.D. / Consler, T.G. / Parks, D.J. / Stewart, E.L. / Willson, T.M. ...Bledsoe, R.B. / Montana, V.G. / Stanley, T.B. / Delves, C.J. / Apolito, C.J. / Mckee, D.D. / Consler, T.G. / Parks, D.J. / Stewart, E.L. / Willson, T.M. / Lambert, M.H. / Moore, J.T. / Pearce, K.H. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain Reveals a Novel Mode of Receptor Dimerization and Coactivator Recognition
著者: Bledsoe, R.B. / Montana, V.G. / Stanley, T.B. / Delves, C.J. / Apolito, C.J. / Mckee, D.D. / Consler, T.G. / Parks, D.J. / Stewart, E.L. / Willson, T.M. / Lambert, M.H. / Moore, J.T. / Pearce, K.H. / Xu, H.E.
履歴
登録2002年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 400COMPOUND THIS STRUCTURE CONTAINS: 1. A NOVEL LBD-LBD DIMER 2. A NOVEL CHARGE CLAMP FOR COACTIVATOR ...COMPOUND THIS STRUCTURE CONTAINS: 1. A NOVEL LBD-LBD DIMER 2. A NOVEL CHARGE CLAMP FOR COACTIVATOR RECOGNITION 3. A UNIQUE STEROID BINDING POCKET
Remark 600HETEROGEN THE ATOMS OF THE DETERGENT, BOG, B-OCTYLGLUCOSIDE, ARE ONLY PARTIALLY SEEN IN THE ...HETEROGEN THE ATOMS OF THE DETERGENT, BOG, B-OCTYLGLUCOSIDE, ARE ONLY PARTIALLY SEEN IN THE STRUCTURE. THE OCTANE CHAIN IS MISSING IN BOG 601. 6 ATOMS OF THE OCTANE CHAIN ARE MISSING IN BOG 701. THE O1 IS MISSING IN BOG 501.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: glucocorticoid receptor
B: nuclear receptor coactivator 2
D: glucocorticoid receptor
E: nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1839
ポリマ－64,5214
非ポリマー1,6625
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.843, 125.843, 85.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 glucocorticoid receptor / GR


分子量: 29811.711 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain, residues 521-777 / 変異: F602S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド nuclear receptor coactivator 2 / Transcriptional intermediary factor 2 / TIF2


分子量: 2448.833 Da / 分子数: 2 / 断片: TIF2 coactivator motif, residues 734-754 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The source of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: Q15596
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-DEX / DEXAMETHASONE / 9A-FLUORO-16BETA-METHYLPREDNISOLONE / デキサメタゾン


分子量: 392.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29FO5 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: salts, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16.3 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1reservoirpH8.0
32.0 Mammonium formate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日 / 詳細: Mar CCD 165 mm
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 27314 / Num. obs: 27095 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2727 / Rsym value: 0.718
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2000精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: Amore
開始モデル: GR model built on the PR structure

解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1713 8 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.267 21317 81.8 %-
all-27314 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.2081 Å2 / ksol: 0.379381 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.45 Å24.52 Å20 Å2
2---8.45 Å20 Å2
3---16.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.42 Å / Luzzati sigma a free: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 102 205 4783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.622.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 168 7.9 %
Rwork0.292 1958 -
obs--49.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3LOCALPARM.XPL
X-RAY DIFFRACTION4BSXPI3_BOND.XPL
X-RAY DIFFRACTION5X.XPRM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る