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万見
- PDB-1lww: Borohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lww
タイトルBorohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized with 8-bromoguanine
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(PED)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
  • 8-OXOGUANINE DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA REPAIR / DNA GLYCOSYLASE / PROTEIN/DNA / BOROHYDRIDE / COVALENT TRAPPING / PRODUCT-ASSISTED CATALYSIS / REACTION INTERMEDIATE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / response to light stimulus / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / cellular response to cadmium ion / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / response to radiation / base-excision repair / nuclear matrix / cellular response to reactive oxygen species / response to estradiol / microtubule binding / endonuclease activity / response to ethanol / response to oxidative stress / damaged DNA binding / nuclear speck / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain ...TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-BROMOGUANINE / DNA / DNA (> 10) / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fromme, J.C. / Bruner, S.D. / Yang, W. / Karplus, M. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Product-Assisted Catalysis in Base Excision DNA Repair
著者: Fromme, J.C. / Bruner, S.D. / Yang, W. / Karplus, M. / Verdine, G.L.
履歴
登録2002年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(PED)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
A: 8-OXOGUANINE DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6985
ポリマ－45,4283
非ポリマー2702
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.174, 92.174, 211.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4635.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(PED)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4398.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 8-OXOGUANINE DNA GLYCOSYLASE


分子量: 36394.176 Da / 分子数: 1 / Fragment: CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O15527, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

-
非ポリマー , 3種, 166分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-BRG / 8-BROMOGUANINE / 8-ブロモグアニン


分子量: 230.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4BrN5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2calcium acetate11
3PEG 800011
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 詳細: Bruner, S.D., (2000) Nature, 403, 859.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl1drop
2100 mM1dropNaCl
31 mMEDTA1drop
410 mMdithiothreitol1drop
5100 mMsodium cacodylate1reservoir
6200 mMcalcium acetate1reservoir
717-18 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 32073 / Num. obs: 31837 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 3096 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 31356
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1EBM

1ebm


解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 2967 -Random
Rwork0.2358 ---
all-31937 --
obs-29831 93.4 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2491 598 13 164 3266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0057
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 283 -
Rwork0.278 --
obs--85 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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