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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lc8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of L-Threonine-O-3-phosphate Decarboxylase from S. enterica complexed with its reaction intermediate | ||||||
要素 | L-Threonine-O-3-Phosphate Decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / CobD / L-threonine-O-3-phosphate / PLP-dependent decarboxylase / cobalamin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 threonine-phosphate decarboxylase / threonine-phosphate decarboxylase activity / cobalamin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cheong, C.-G. / Escalante-Semerena, J. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Structural studies of the L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase (CobD) enzyme from Salmonella enterica: the apo, substrate, and product-aldimine complexes. 著者: Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE According to the authors, the GenBank entry is in error because the original DNA sequence ... SEQUENCE According to the authors, the GenBank entry is in error because the original DNA sequence had some errors. The electron density also supports it. The new sequence is Gln25, Ser30, Val42, Arg44 and Ala45. Arg44 lacks side chain density. The organism name in this GenBank entry is Salmonella typhimurium. Salmonella typhimurium has been changed to Salmonella enterica. Therefore, the two names are same. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lc8.cif.gz | 88.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lc8.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lc8_validation.pdf.gz | 750.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lc8_full_validation.pdf.gz | 754.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lc8_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lc8_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lc8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the second subunit of biological dimer can be generated by the operation of crystallographic two-fold symmetry axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40849.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: cobD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(JE4094) / 参照: UniProt: P97084 |
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#2: 化合物 | ChemComp-33P / { |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6 詳細: PEG methyl ether 2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→500 Å / Num. obs: 37471 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 31.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 500 Å / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1KUS 1kus 解像度: 1.8→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 500 Å / Num. reflection obs: 35608 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |