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- PDB-1l3l: Crystal structure of a bacterial quorum-sensing transcription fac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l3l
タイトルCrystal structure of a bacterial quorum-sensing transcription factor complexed with pheromone and DNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
  • Transcriptional activator protein traR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / helix-turn-helix DNA binding motif / alpha/beta/alpha sandwich / asymmetry of the protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LAE / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional activator protein TraR
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Zhang, R. / Pappas, T. / Brace, J.L. / Miller, P.C. / Oulmassov, T. / Molyneaux, J.M. / Anderson, J.C. / Bashkin, J.K. / Winans, S.C. / Joachimiak, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of a bacterial quorum-sensing transcription factor complexed with pheromone and DNA.
著者: Zhang, R.G. / Pappas, T. / Brace, J.L. / Miller, P.C. / Oulmassov, T. / Molyneaux, J.M. / Anderson, J.C. / Bashkin, J.K. / Winans, S.C. / Joachimiak, A.
履歴
登録2002年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
A: Transcriptional activator protein traR
B: Transcriptional activator protein traR
C: Transcriptional activator protein traR
D: Transcriptional activator protein traR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,74112
ポリマ－132,7768
非ポリマー9654
水16,466914
1
E: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
B: Transcriptional activator protein traR
D: Transcriptional activator protein traR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8716
ポリマ－66,3884
非ポリマー4832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'
A: Transcriptional activator protein traR
C: Transcriptional activator protein traR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8716
ポリマ－66,3884
非ポリマー4832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.298, 58.370, 127.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細deposited coords. are two protein-DNA-pheromone complexes in asymmetric unit

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3'


分子量: 6133.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Transcriptional activator protein traR / Quorum-Sensing Transcription Factor


分子量: 27060.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
プラスミド: pJZ358 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21(DE3) / 参照: UniProt: P33905
#3: 化合物
ChemComp-LAE / 3-OXO-OCTANOIC ACID (2-OXO-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL)-AMIDE / N-(3-OXO-OCTANAL-1-YL)-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソオクタノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 241.284 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Joachimiak, A., (1991) Methods Enzymol., 208, 82.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.95600
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.9561
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 155406 / Num. obs: 139194 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.69 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 21.76
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 5.29 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10916 / % possible all: 70.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.422

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.66→39.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 845189.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 7044 5.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all-139194 --
obs-139194 89.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.7694 Å2 / ksol: 0.337305 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å20 Å21.12 Å2
2---2 Å20 Å2
3---3.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7332 1628 68 914 9942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.222.5
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 907 4.9 %
Rwork0.336 17485 -
obs--70.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMPHERMONE_SNEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PHERMONE_SNEW.PARWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.341 / Rfactor Rwork: 0.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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