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- PDB-1ksw: Structure of Human c-Src Tyrosine Kinase (Thr338Gly Mutant) in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksw
タイトルStructure of Human c-Src Tyrosine Kinase (Thr338Gly Mutant) in Complex with N6-benzyl ADP
要素PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
キーワードTRANSFERASE / SH3 / SH2 / Kinase / bump hole / bump-hole / chemical genetics / orthogonal substrate / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of caveolin-mediated endocytosis / regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of dephosphorylation / regulation of cell projection assembly / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of telomere maintenance / regulation of epithelial cell migration / ERBB2 signaling pathway ...regulation of caveolin-mediated endocytosis / regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of dephosphorylation / regulation of cell projection assembly / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of telomere maintenance / regulation of epithelial cell migration / ERBB2 signaling pathway / Regulation of gap junction activity / negative regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of integrin activation / positive regulation of protein processing / Activated NTRK2 signals through FYN / BMP receptor binding / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / intestinal epithelial cell development / Netrin mediated repulsion signals / negative regulation of neutrophil activation / regulation of vascular permeability / focal adhesion assembly / connexin binding / osteoclast development / Activated NTRK3 signals through PI3K / cellular response to fluid shear stress / signal complex assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Co-stimulation by CD28 / EPH-Ephrin signaling / positive regulation of podosome assembly / DCC mediated attractive signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / regulation of bone resorption / Ephrin signaling / Signal regulatory protein family interactions / odontogenesis / negative regulation of mitochondrial depolarization / podosome / MET activates PTK2 signaling / cellular response to peptide hormone stimulus / Regulation of KIT signaling / regulation of early endosome to late endosome transport / Signaling by ALK / leukocyte migration / phospholipase activator activity / GP1b-IX-V activation signalling / EPHA-mediated growth cone collapse / Co-inhibition by CTLA4 / oogenesis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / Signaling by EGFR / interleukin-6-mediated signaling pathway / stress fiber assembly / Receptor Mediated Mitophagy / positive regulation of Notch signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / forebrain development / regulation of cell-cell adhesion / uterus development / PECAM1 interactions / Recycling pathway of L1 / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of heart rate by cardiac conduction / RHOU GTPase cycle / protein tyrosine kinase activator activity / RET signaling / negative regulation of anoikis / signaling receptor activator activity / FCGR activation / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Long-term potentiation / progesterone receptor signaling pathway / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / bone resorption / ephrin receptor signaling pathway / negative regulation of hippo signaling / GAB1 signalosome / Nuclear signaling by ERBB4 / negative regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor binding / phospholipase binding / T cell costimulation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / p38MAPK events / Signaling by ERBB2 / Integrin signaling / EPHB-mediated forward signaling / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of TORC1 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / substrate adhesion-dependent cell spreading / Downstream signal transduction
類似検索 - 分子機能
SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain ...SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Roll / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N6-BENZYL ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Witucki, L.A. / Huang, X. / Shah, K. / Liu, Y. / Kyin, S. / Eck, M.J. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Mutant tyrosine kinases with unnatural nucleotide specificity retain the structure and phospho-acceptor specificity of the wild-type enzyme.
著者: Witucki, L.A. / Huang, X. / Shah, K. / Liu, Y. / Kyin, S. / Eck, M.J. / Shokat, K.M.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1832
ポリマ－51,6661
非ポリマー5171
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.81, 87.68, 106.28
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC / C-SRC


分子量: 51665.520 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3, SH2 and Kinase domains / 変異: T338G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12931, EC: 2.7.1.112
#2: 化合物 ChemComp-NBS / N6-BENZYL ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / N6-ベンジル-ADP


分子量: 517.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 4000, 50mM PIPES pH 6.5, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.6
3100 mM1dropNaCl
410 mMdithiothreitol1drop
51 mMN6-(benzyl)ADP1drop
650 mMPIPES1reservoirpH6.5
712 %PEG40001reservoir
810 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 12715 / Num. obs: 12715 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.071
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 46549 / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2SRC

2src


解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.294 -random 5%
Rwork0.231 --
all-12715 -
obs-12715 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3611 0 34 46 3691
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.771
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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