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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kou | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Photoactive Yellow Protein Reconstituted with Caffeic Acid at 1.16 A Resolution | ||||||
![]() | PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / photoreceptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Aalten, D.M.F. / Crielaard, W. / Hellingwerf, K.J. / Joshua-Tor, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the photoactive yellow protein reconstituted with caffeic acid at 1.16 A resolution. 著者: van Aalten, D.M. / Crielaard, W. / Hellingwerf, K.J. / Joshua-Tor, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2phyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PYP / プラスミド: PHISP / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DHC / |
#3: 化合物 | ChemComp-NBU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.2 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEGMME 2000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.16→15 Å / Num. obs: 36609 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.16→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3352 / % possible all: 89.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 333681 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.4 % / Num. unique obs: 3352 / Rmerge(I) obs: 0.546 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PHY 解像度: 1.16→8 Å / Num. parameters: 9856 / Num. restraintsaints: 12084 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1 Å / Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 862 / Occupancy sum non hydrogen: 1069 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.16→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.162 / Rfactor Rfree: 0.203 / Rfactor Rwork: 0.162 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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