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- PDB-1kif: D-AMINO ACID OXIDASE FROM PIG KIDNEY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kif
タイトルD-AMINO ACID OXIDASE FROM PIG KIDNEY
要素D-AMINO ACID OXIDASE
キーワードFLAVOPROTEIN / FAD COFACTOR / OXIDASE / FLAVOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


Peroxisomal protein import / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...Peroxisomal protein import / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / cell projection / peroxisome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Todone, F. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of D-amino acid oxidase: a case of active site mirror-image convergent evolution with flavocytochrome b2.
著者: Mattevi, A. / Vanoni, M.A. / Todone, F. / Rizzi, M. / Teplyakov, A. / Coda, A. / Bolognesi, M. / Curti, B.
履歴
登録1996年1月19日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-AMINO ACID OXIDASE
B: D-AMINO ACID OXIDASE
C: D-AMINO ACID OXIDASE
D: D-AMINO ACID OXIDASE
E: D-AMINO ACID OXIDASE
F: D-AMINO ACID OXIDASE
G: D-AMINO ACID OXIDASE
H: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,28424
ポリマ－315,0228
非ポリマー7,26116
水5,296294
1
A: D-AMINO ACID OXIDASE
E: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5716
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
2
B: D-AMINO ACID OXIDASE
F: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5716
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
3
C: D-AMINO ACID OXIDASE
G: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5716
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
4
D: D-AMINO ACID OXIDASE
H: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5716
ポリマ－78,7562
非ポリマー1,8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
5
C: D-AMINO ACID OXIDASE
D: D-AMINO ACID OXIDASE
G: D-AMINO ACID OXIDASE
H: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,14212
ポリマ－157,5114
非ポリマー3,6318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16450 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area50080 Å2
手法PISA
6
A: D-AMINO ACID OXIDASE
B: D-AMINO ACID OXIDASE
E: D-AMINO ACID OXIDASE
F: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,14212
ポリマ－157,5114
非ポリマー3,6318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16390 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area50310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)326.480, 138.100, 200.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTALS CONTAINS 8 ENZYME SUBUNITS. WITH THE EXCEPTION OF 16 SIDE CHAINS, THE 8 SUBUNITS WERE KEPT IDENTICAL DURING REFINEMENT BY IMPOSING A NON-CRYSTALLOGRAPHIC-SYMMETRY CONSTRAINT. THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT NCS CONSTRAINED: HIS 24, GLN 28, PRO 29, GLU 58, PRO 59, SER 60, ASN 61, ASN 66, ASP 127, ARG 129, ARG 162, GLU 165, ASN 248, ILE 253, ARG 265, ARG 337.

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要素

#1: タンパク質
D-AMINO ACID OXIDASE / DAAO


分子量: 39377.812 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OXIDIZED STATE / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: KIDNEY / Organelle: PEROXISOME / 参照: UniProt: P00371, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 詳細: 293K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mg/mlprotein1drop
22 mMsodium benzoate1drop
30.5 Mammonium succinate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.3

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 119327 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / % possible all: 45.2
反射
*PLUS
% possible obs: 86 % / Num. measured all: 592028

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.6→20 Å / Num. reflection Rfree: 1000 / Num. reflection obs: 119237 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21760 0 496 294 22550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0170.2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0070.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.6
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.052
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg32.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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