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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kc8 | ||||||
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タイトル | Co-crystal Structure of Blasticidin S Bound to the 50S Ribosomal Subunit | ||||||
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![]() | RIBOSOME / 50S subunit / blasticidin S / antibiotic / P-loop / P-site | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA repair / mRNA binding / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hansen, J.L. / Ban, N. / Nissen, P. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit 著者: Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #1: ![]() タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution 著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #2: ![]() タイトル: The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis 著者: Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234
-非ポリマー , 7種, 8114分子 ![](data/chem/img/BLS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-NA / #35: 化合物 | ChemComp-CL / #36: 化合物 | ChemComp-CD / #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8 詳細: PEG 6K, KCl, NH4Cl, MgCl2, NaOAc, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 361295 / Num. obs: 361295 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 35812 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.4 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 76.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NATIVE 1JJK 解像度: 3.01→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 185476.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: RNA and protein Brunger and Berman with 3' 2' endo possible Blasticidin S generated from BESGOV structure at CSD using xplo2d
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.8732 Å2 / ksol: 0.305814 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.01→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.1 Å |