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万見
- PDB-1kb0: Crystal Structure of Quinohemoprotein Alcohol Dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kb0
タイトルCrystal Structure of Quinohemoprotein Alcohol Dehydrogenase from Comamonas testosteroni
要素quinohemoprotein alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-propeller fold / cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (azurin) / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / calcium ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A ...Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / Quinohemoprotein alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Oubrie, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of quinohemoprotein alcohol dehydrogenase from Comamonas testosteroni: structural basis for substrate oxidation and electron transfer.
著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Huizinga, E.G. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization of quinohaemoprotein alcohol dehydrogenase from Comamonas testosteroni: crystals with unique optical properties.
著者: Oubrie, A. / Huizinga, E.G. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / de Jong, G.A. / Duine, J.A. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2001年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: quinohemoprotein alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8208
ポリマ－73,4381
非ポリマー1,3817
水18,3031016
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.920, 74.331, 92.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 quinohemoprotein alcohol dehydrogenase / quinohemoprotein ethanol dehydrogenase type 1


分子量: 73438.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Comamonas testosteroni (バクテリア) / 参照: UniProt: Q46444, EC: 1.1.99.-

-
非ポリマー , 6種, 1023分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-TFB / TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / (S)-テトラヒドロフラン-2-カルボン酸


分子量: 116.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: PEG 6000, MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: Oubrie, A., (2001) ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D, 57, 1732.
PH range low: 5.7 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-8 mg/mlprotein1drop
217-20 %(w/v)PEG60001reservoir
30-4 mMEDTA1reservoir
4100 mMMES1reservoirpH5.5-5.7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月27日
放射プロトコル: OSCILLATION / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 111086 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 87.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EEE (now known as 1FLG)

1eee
PDB 未公開エントリ

1flg


解像度: 1.44→29.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1721072.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HOH 492 belongs to conformation A of ASP 657.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 5671 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.16 111086 96.3 %-
all-111086 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.9357 Å2 / ksol: 0.377884 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.25 Å20 Å23.33 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3----2.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5128 0 94 1016 6238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.452.5
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 930 5.1 %
Rwork0.228 17480 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PQQ.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMTOPH19.HEM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMPQQ.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PARAM19X.HEMEION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.452.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.259 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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