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- PDB-1k4c: Potassium Channel KcsA-Fab complex in high concentration of K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k4c
タイトルPotassium Channel KcsA-Fab complex in high concentration of K+
要素
  • (antibody Fab fragment ...) x 2
  • potassium channel KcsA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / K channel / protein-antibody Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIACYL GLYCEROL / NONAN-1-OL / : / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, Y. / Morais-Cabral, J.H. / Kaufman, A. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Chemistry of ion coordination and hydration revealed by a K+ channel-Fab complex at 2.0 A resolution.
著者: Zhou, Y. / Morais-Cabral, J.H. / Kaufman, A. / MacKinnon, R.
履歴
登録2001年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 99Some fragments of disordered amino acids were built as solvent(water) molecules with the following ...Some fragments of disordered amino acids were built as solvent(water) molecules with the following sequence numbers: 106, 129, 165, 205, 206, 228, 251, 301, 309, 316, 318, 328, 330, 351, 365, 400, 408, 423 and 466. The water molecules 1, 2, 3, 4 are near the potassium ion pathway inside molecule KcsA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,10212
ポリマ－60,0593
非ポリマー1,0439
水8,449469
1
A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,40648
ポリマ－240,23412
非ポリマー4,17236
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.330, 155.330, 76.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-3001-

K

21C-3002-

K

31C-3003-

K

41C-3004-

K

51C-3005-

K

61C-3006-

K

71C-3007-

K

81C-3014-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 potassium channel KcsA


分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Fragment: potassium channel KcsA / Mutation: P2A, L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody Fab fragment light chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 478分子

#4: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / Fragment: fragment of lipid / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / Fragment: fragment of lipid or detergent / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PEG 400, Magnesium Acetate, Sodium Acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / PH range low: 5.6 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-15 mg/mlprotein1drop
220-25 %PEG4001reservoir
350 mMmagnesium acetate1reservoir
450 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 60798 / Num. obs: 60798 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 3462539.1 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 5981 10 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all-60790 --
obs-60790 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4017 0 48 469 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2K_CNS.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMLIPID.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIPID2.PARK_XPLOR_TOP.TXT
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 37.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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